После смерти Сталина в марте 1953 года многие политические заключенные ждали освобождения и реабилитации. Но для отца Иоанна наступил новый, еще более трудный период заключения. Батюшка был этапирован в инвалидный лагерь, куда, по многочисленным свидетельствам, заключенных отправляли на верную смерть.
Последнее время пребывания на ОЛП 16 Каргапольлага отец Иоанн жил немного лучше, чем первые 2 года в лагере. Он смог перебраться из барака в землянку, где была возможность спокойно совершать молитвенное правило. Из переписки отца Иоанна видно, что в лагере он не только молился, но и отпевал умерших, и совершал таинство Крещения: в письмах содержатся просьбы прислать десятки венчиков и разрешительных молитв для отпевания, а также крестиков на шнурах. Устное предание говорит, что крестил батюшка даже начальника лагеря с семьей. Трудно с уверенностью утверждать, имел ли место этот факт, но точно известно, что с начальником режима Григорием и его женой Полиной у батюшки, а потом и у его моск