6 сентября 1950 года, после четырех месяцев и недели следствия, Особое Совещание при министре Государственной Безопасности Союза ССР приговорило Ивана Михайловича Крестьянкина к «заключению в исправительно-трудовой лагерь сроком на СЕМЬ лет» по статье 58.10 ч.1 — за антисоветскую агитацию. Еще через месяц, 10 октября, отец Иоанн был отправлен этапом для отбытия срока наказания в Каргопольлаг МВД, на станцию Ерцево Северной железной дороги.
После вынесения приговора отца Иоанна отправили в Лефортово, где измученному четырьмя месяцами тюрьмы, допросов и пыток человеку, которого еще за 10 лет до этого не взяли в армию из-за очень плохого зрения, выдали следующую справку:
«СПРАВКА
Дана санчастью Лефортовской тюрьмы НКГБ СССР в том, что при освидетельствовании состояния здоровья заключенного 1910 г. р. Крестьянкина Ивана Михайловича оказалось, что он практически здоров, к физическому труду годен».
Это значило, что отец Иоанн мог быть направлен на любые работы, в том числе на лесоповал..