Видный российский государственный и военный деятель, уроженец города Женева. В некоторых источниках можно прочесть, что Лефорт был швейцарцем по национальности. Данное утверждение является ошибочным, поскольку в 17 веке Женева была независимым городом-государством, а в состав Швейцарии вошла только в 1815 году после победы над Наполеоном.
Отец Франца, Жак Лефорт был достаточно успешным торговцем, но сын не захотел продолжать его дело и в 1674 году поступил на военную службу в Голландию. Ещё через год, он сводит знакомство с полковником Якобом ван Фростеном, набиравшего офицеров на службу к русскому царю Алексею Михайловичу, и решает отправиться в таинственную «Московию».
В сентябре 1675 года, группа голландских офицеров, среди которых был и Лефорт, прибыла в Архангельск, а затем добралась до Москвы. В столице Московии вновь прибывших наемников ждало жестокое разочарование. Оказалось, что нанимавший их на службу ван Фростен, не имел на это полномочий. К тому же вскоре скончался царь Алексей Михайлович.
Франц Лефорт поселяется в Немецкой слободе, начинает активно изучать русский язык, и заводит множество полезных знакомств. Вскоре он женился на вдове подполковника Франца Суэ (Сугэ) Елизавете, родственник которой Патрик Гордон помог ему поступить на воинскую службу в чине капитана – командира роты.
В 1678 – 1682 годах он служит под командованием Гордона в Киевском гарнизоне.
После возвращения в Москву где в это время правила царевна Софья Лефорт близко сошелся с её фаворитом князем Василием Васильевичем Голицыным и принимал участие в неудачных походах в Крым в 1687 и 1689 годов.
Во время попытки низложения молодого царя Петра сторонниками Софьи Алексеевны вместе Патриком Гордоном принял его сторону. Именно Лефорт осуществлял личную охрану наследника русского трона во время его пребывания в Троице-Сергиевом монастыре.
В дальнейшем был верным сподвижником Петра во всех его делах, в частности возглавлял «Великое посольство»- русскую дипломатическую миссию преследовавшую цель налаживание связей между Россией и странами Запада.
Во время стрелецкого бунта 1698 года Лефорт вместе с Петром возвратился в Россию и активно учувствовал в его подавлении. Известно, что он был одним из немногих приближенных царя, кто категорически отказался рубить головы стрельцам, доказывая тем самым верность государю.
За время отсутствия генерал-адмирала Лефорта в Москве, на территории Немецкой слободы для него был построен роскошный дворец, который существует и поныне.
Новоселье, на котором присутствовало более 300 гостей, было отпраздновано 12 февраля 1699 года, а 23 февраля Лефорт заболел горячкой и скончался спустя пару недель.
Узнав о его смерти, Пётр воскликнул: «Я потерял самого лучшего друга моего, в то время, когда он мне наиболее нужен…»
Известно, что Лефорт был похоронен на приходском кладбище при Лютеранской кирхе в Немецкой слободе. Кладбище было по одним сведеньям уничтожено по приказу императрицы Елизаветы Петровны, которая терпеть не могла кладбищ, если они попадались на пути царского поезда, по другим исчезло вместе с кирхой в огне 1812 года.
Как бы там ни было точного месторасположения места погребения сподвижника Великого Императора никто не знает, но уже более 200 лет идут разговоры о том что после того как минула эпидемия чумы 1771 года и Введенское кладбище окончательно приобрело статус главного Московского иноверческого некрополя столицы, сюда были перенесены останки Лефорта и его близкого друга и родственника генерала Патрика Гордона.
Однако никакого документального подтверждения этому нет, есть только легенда о том что поздней ночь в московском районе Лефортово (бывшая Немецкая слобода), можно встретить темную фигуру блуждающую по улицам и ищущую неизвестно кого. А еще говорят, что в тихую летнюю ночь в сквере на Красно казарменной улице можно услышать печальную мелодию, исполняемую на флейте. Дескать, это старина Лефорт играет для своего любезного гера Питера. Так ли это или нет, спорить не буду потому что, в жизни может быть такое чего не может быть. Может и могила Лефорта отыщется, когда - ни будь и он перестанет пугать по ночам молодежь, возвращающуюся из ночных клубов и автомобилистов проезжающих по Лефортовскому тоннелю.
Известно, что Петр I хотел увековечить память своего близкого друга и сподвижника, установив ему памятник в Санкт – Петербурге, но по каким-то причинам этот план так и остался невоплощенным. А вот в Москве памятник Францу Лефорту и его другу Петру Алексеевичу установлен у входа в Лефортовский парк
Есть так же памятник русскому генералу и адмиралу Францу Яковлевичу Лефорту на его исторической Родине в Женеве.