Придя к власти, Наполеон больше всего хотел примирить разногласия французов. В итоге он пришел к мысли устранить раскол между церквями, а именно французской, присягнувшей новому порядку и Римской, не признавшей «новую» французскую церковь.
Наполеон предпочел не воевать с папой по примеру директоров, а сотрудничать с ним. В результате многочисленных переговоров 15 июля 1801 года Наполеон подписал Конкордат в Тюльери.
Однако одна из трагедий жизни Наполеона заключалась в том, что вскоре после подписания Конкордата он вынужден был вступить с Папой Пием в болезненные споры. Конфликт начался с того, что Пий по совету своих кардиналов отказался принять участие в экономической блокаде Англии.
В 1809 году Наполеон , чтобы удержать эмбарго принял решение вторгнуться в Папскую Область. Наполеон сместил Пия с руководящего поста и сослал его во дворец епископа в Савоне. В результате этого Наполеона отлучили от церкви.
В Савоне Пий предпринял духовные санкции против «светского зла» , отказавшись рукополагать наполеоновских кандидатов во французские епархии, которые остались без епископов. В ответ на просьбу Наполеона рукоположить в сан наполеоновских выдвиженцев. Пий отказал ему. По причине этого, Наполеон созвал комиссию из видных духовников, чтобы обсудить возможный выход из положения. Комиссия составила запрос к папе с просьбой дать митрополитам право рукополагать епископов в епархиях. Пий на удивление Наполеона подписал документ.
Однако Папа спустя несколько дней спустя уже сожалел о содеянном и написал позднее бреве, исключающее епископов бывших папских областей из соглашения об инвеституре. Это бреве Наполеон отказался принять.
В мае 1812 года британский флот появился в виду Савоны, и Наполеон приказал доставить Пия в Фонтенбло.
Спустя некоторое время Наполеон, занятый военными кампаниями, добрался в Фонтебло только в январе 1813 года. Он обнял Пия, поцеловал его в щеку и приступил к беседе. Переговоры были сердечными, и по истечению пяти дней Папа подписал согласие давать право митрополитам рукополагать епископов, включая и епископов бывших папских областей.
В качестве благодарности за подписание соглашения Наполеон разрешил двум кардиналам папы присоединиться к нему в Фонтебло.
Одним был Консальви, убежденный сторонник светской власти, а другим – Пакка , недовольный влиянием французов, которого Наполеон держал в тюрьме с 1809 года. Они уговорили его отозвать свою подпись договора. Но война отвлекла все внимание Наполеона от церковных дел. В январе 1814 года он разрешил Пию вернуться в Рим.