О его рождении и ранних годах сведений не сохранилось. Известно лишь, что примерно в 1580 году в Крестовоздвиженский монастырь явился таинственный пришлец преклонных лет и принял постриг с именем Ферапонт. Объяснил, что в Москве он был «соседом святого Василия Блаженного». Блаженный Василий не имел жилища, а жил на улицах и юродствовал. Возможно, не соседом он был, а служкой при храме. В монастыре он пробыл 13 лет. Соблюдал все обряды и воздержания, усердно молился. Но монастырскую братию удивляло то, что пришелец обладал лекарским даром и предсказывал будущее. К нему приходили горожане из Костромы, приезжали воеводы и прочие чины для лечения и принятия благословения. Летом 1595 года он переселился к устью реки Монзы при впадении ее в реку Кострому, в Благовещенский монастырь, в котором тогда жил строитель и настоятель монастыря старец Адриан.
Ранее старцу Адриану было видение. Некто сказал ему: «Старче! К тебе в обитель привезут двух больных юношей. Их исцелит святой человек, который явится в обитель». Вскоре в монастырь привезли двух больных отроков, отцы которых поведали о явлении им незнакомца, который указал на место исцеления их больных сыновей – Благовещенский монастырь.
Затем в монастыре появился Ферапонт и просил принять его в число братии. Он и исцелил юношей. Ферапонт был не только образцом подвижничества для братии, но и защитником от притеснителей. Случалось, что властные и служивые люди обижали монастырских крестьян, и Ферапонт выходил на их защиту. Времена были тяжелые – годы междоусобиц, Лжедмитриев и борьбы за власть между Борисом Годуновым и Федором Романовым. В беседах со старцем Адрианом Ферапонт предсказал большое брожение на Руси и кровопролитие. Два с лишним года он прожил в Монзенском монастыре. Настал его час, он призвал в свою келью преподобного Адриана и братию.
- Близок конец моей жизни, - произнес. – Дух мой в руце Божией, он призывает меня к себе. Господь да сохранит вас и утвердит в любви Своей. Я отхожу телом, не отступаю от вас духом своим, если между вами любовь будет…
Утром преподобный Ферапонт преставился... Вскоре после своей кончины преподобный явился Адриану, предсказал великий голод в Русской земле и велел хранить хлеб, «потому что многие будут питаться от монастыря сего». В 1601 году настал страшный голод. Монзенский монастырь выдавал хлеб всем голодающим….
…В 1990-х годах в Благовещенском храме проводились ремонтные работы. В ходе работ были обнаружены погребения преподобных Ферапонта, Адриана и Феодосия. Долбленые колоды с мощами святых находились на глубине полутора метров. В настоящее время над погребениями установлены иконы с их изображением.