План действий для проведения парсимониального филогенетического анализа

Я написала почти все, что хотела по поводу морфологического анализа. Приведенной мною информации достаточно для того, чтобы провести анализ и объяснить что и зачем вы делали. Конечно, существует много разных тонкостей и дополнений. И про некоторые из них я еще напишу. Например, я собираюсь объяснить, как считать морфологические матрицы с помощью Байесова анализа, но для этого надо сначала объяснить, что такое Байесов анализ.

Эту статью я решила посвятить тому, чтобы описать план действий для проведения парсимониального анализа.

1. Поставить цель вашего исследования. То есть четко решить, что вы хотите протестировать. Это может быть монофилия группы, отношения внутри какой-то группы, тестирование филогенетического положения какой-то конкретной группы внутри другой.

2. После этого надо выбрать внутреннюю группу и внешнюю группу. То есть выбрать таксоны, положение которых вы тестируете, и таксоны относительно которых вы что-то тестируете (например, монофилию). Например, если вы тестируете монофилию какой-то трибы, то надо включить максимальное количество других триб подсемейства, а также любые роды, для которых есть подозрение, что они могут иметь отношение к этой трибе.

3. Создание набора данных. Надо создать морфологическую матрицу. Я рассказала основные правила составления матриц (Часть 1 и Часть 2), и показала как это делать в Mesquite (Часть 1 и Часть 2). С помощью парсимонии также иногда обсчитывают молекулярные и комбинированные данные.

4. С помощью TNT, Winclada (Nona) или PAUP провести парсимониальный анализ, лучше branch-and-bound, но если у вас более 30 таксонов, то только эвристический анализ. Лучше провести 2-3 анализа в разных программах и сравнить устойчивость результата. Описание как запускать анализ в TNT тут: Часть 1 и Часть 2. Запуск анализа в Nona (Winclada) тут. Запуск анализа в PAUP тут: Часть 1 и Часть 2.

5. Если у вас получилось более одного дерева, то сделать строгое согласование деревьев. Это можно сделать в любой программе, в которой вы запускали анализ (Winclada, TNT, PAUP), и также в Mesquite.

6. При необходимости экспортировать деревья в Mesquite или Winclada для последующего просмотра признаков на филогении. Как экспортировать деревья из PAUP в Mesqute тут, как экспортировать деревья из TNT в Mesquite смотрите тут. И как переносить деревья из Mesquite в Winclada смотреть тут.

7. Посмотреть как признаки распределяются по дереву, проверить апоморфии, какими признаками поддерживаются интересующие вас клады. Посмотреть, есть ли какие-то странные случаи или ошибки в кодировании, помня об особенностях оптимизации признаков. Если есть, то исправить матрицу и перезапустить анализ. Это лучше всего делать с помощью Winclada.

8. Посчитать поддержки ветвей, Bootstrap, Jackknife и/или Bremer supports. Первые два можно посчитать в любой из программ TNT, Nona и PAUP, поддержки Бремера только в TNT.

9. Опционально можно провести анализ с апостериорном взвешиванием, чтобы протестировать, согласованы ли признаки в полученном результирующем дереве. Implied weigting можно посчитать в TNT, sucсessive weighting считают в PAUP.

10. Сохранить деревья в графическом формате .emf для последующей обработки в графическом редакторе. Дерево, на котором оптимизированы признаки, надо сохранять из Winclada. Все остальные деревья (если есть необходимость), можно сохранять из любой программы (TNT, PAUP).

Я рада, что мой канал полезен. Пожалуйста, подписывайтесь на него, если вам интересно то, о чем я пишу.