Сюжет оригинальной игры:
После событий на острове Рекс Кольт и Элизабет Дарлинг поженились, заведя семью. У них родились близнецы - Роксанна и Слэйтер.
Однако счастье длилось недолго: в один день Элизабет просто исчезла. Чувствуя душевную пустоту и не в силах даже смотреть на детей, напоминавших ему о жене, Рекс отправился воевать во Вьетнам, где погиб.
Осиротевших близнецов взял под опеку генерал Мэйсон Райбэк. Решив пойти по стопам отца, под началом Райбэка они модифицировали себя до киберсолдат серии "Mark VI" и стали выполнять суперсекретные миссии по всему миру.
Во время задания по уничтожению наркокартеля Кали в Майами, где производился опасный наркотик "Турбомёт", близнецы попадают под воздействие смертельной дозы наркотика, однако выживают и успешно поправляются. Здесь они начинают подозревать, что с ними что-то не так. Генерал Райбэк раскрывает шокирующую правду: оказывается, что их мать, Элизабет, была не человеком, а кровавым драконом, принявшим человеческий облик. От неё они унаследовали гены, сделавшие их более крутыми и живучими, чем обычные люди. Поэтому они не просто киберсолдаты, а киберсолдаты-полудраконы.
После этого Роксанна отправляется в недавно обнаруженный храм, где находит могущественный артефакт - Святой Грааль, который должен служить только на благо Америки.
Далее следует операция во Вьетнаме, где коммуняки ставят опыты на пленённых кровавых драконах, выкачивая из них кровь и создавая на её основе оружие. В процессе выполнения задания Роксанна сталкивается с самим командиром Коммунистической Армии Вьетнама, которым оказывается перепрограммированный Рекс Кольт - отец близнецов.
Нападение освобождённого кровавого дракона позволяет Рокс сбежать.
Вернувшись на базу, она рассказывает обо всём брату и генералу Райбэку. У неё возникает план по возвращению отца на светлую сторону Силы: нужно убить его, а затем напоить водой из Святого Грааля, которая его оживит, и таким образом он станет самим собой, освободившись от власти красной заразы.
Тем временем, на Землю нападают чужие-коммунисты. Они заключили соглашение с земными коммунистами и создали гибрид - вьетконговцев-инсектоидов.
Нам тут и своих, земных, коммуняк достаточно, а поэтому нужно нейтрализовать инопланетную коммунистическую угрозу.
Для этого Слэйтер отправляется на родную планету комми-инсектоидов, Лэнг-Ливи-А, и уничтожает королеву жуков бомбозондом.
Начинается финальная часть плана по освобождению бати. Слэйтер отправляется в особый портал, выводящий его к храму драконов и позволяющий приручить одного из них для участия в боевых действиях против коммунистов. Затем близнецы уничтожают базу, на которой находится их отец. Рекс Кольт погибает, но Роксанна тут же воскрешает его с помощью Грааля. Придя в себя, Кольт обретает разум и вновь становится идейным патриотом Америки, благодаря детей за своё спасение.
Он заявляет, что обязательно найдёт Элизабет, чтобы их семья вновь стала полной. Однако, в поисках нет необходимости - генерал Райбэк оказывается никем иным, как замаскированной матерью близнецов, которая всё это время опекала и воспитывала их.
Она раскрывает перед мужем и детьми всю правду. Будучи представительницей расы драгорнианцев (настоящее самоназвание кровавых драконов), Элизабет всё это время с болью смотрела на то, как её сородичей истязают ужасными экспериментами. Разрываясь между любовью к своему народу и к своей обретённой семье, Элизабет решила заботиться о детях под чужой личиной, направляя их на то, чтобы подготовить вторжение драгорнианцев на Землю.
Так, они освободили драконов из рук вьетконговцев, уничтожили чужих-коммунистов - конкурентов драгорнианцев, - и, попав в храм драконов, дали им сигнал к началу вторжения. Теперь Элизабет предлагает мужу и детям присоединиться к ней, либо вступить в противостояние со всей расой драгорнианцев и собственной матерью. На этом игра заканчивается.
Однако, есть и секретная концовка. В ней, выслушав предложение жены, Рекс Кольт, как идейный патриот, отказывается от сотрудничества с врагом, твёрдо намеренный до последнего сражаться за страну, которой давал присягу. Кольт и Элизабет направляют друг на друга оружие. Вмешиваются Роксанна и Слэйтер, которые направляют оружие на своих родителей. Когда все направили оружие друг на друга, экран затемняется, а затем раздаётся одинокий выстрел. И вот это - окончательный конец.