Представленный Бидлоо Петру проект госпиталя и медицинской школы при нем, царь одобрил и указом от 25 мая 1706 года высочайше повелел «…построить за Яузой-рекою против Немецкой слободы в пристойном месте гошпиталь для лечения болящих людей. А у того лечения быть доктору Николаю Бидлоо, да двум лекарям… да из иноземцев и из русских, изо всяких чинов людей, набрать для аптекарской науки 50 человек…». Первый набор в основном состоял из студентов Греко-Латинской академии, поскольку доктор Бидлоо настаивал на том, чтобы студенты знали латынь. Вскоре преподаватель академии отец Гедеон Грембецкий даже жаловался в Святейший Синод, обзывая Бидлоо «записующим наилучших учеников в анатомическое учение без ректорского и префекторского ведома».
При госпитале Бидлоо организовал анатомический театр, куда по приказу царя доставляли бесхозные трупы со всей Москвы.