В прошлой статье я разобрала, как открывать файл, запускать Branch-and-bound анализ в Paup и делать строго согласованное дерево. Теперь давайте посмотрим, как запускать эвристичесткий поиск в этой же программе.
Также в главном меню надо выбрать Analysis и выпадающем меню Heuristic Search.
Должно открыться окошко с несколькими вкладками.
В первом окне вам предлагается выбрать, какие деревья сохранять и сколько. Можно сохранять только оптимальные. Или же можно задать минимальное количество шагов, которое должно иметь сохраненное дерево. Нас интересуют только самые оптимальные деревья.
Если нажать на SetMaxTrees, то появится новое окошко, которое спросит, сколько деревьев сохранять при каждой итерации анализа.
Разумеется, чем больше, тем лучше, но и увеличение деревьев в памяти требует больше компьютерной памяти и времени расчета. Можете оставить с этими настройками, в которых изначально сохраняется 100 деревьев, но при необходимости программа вас спросит, насколько надо увеличить количество деревьев. Либо можете поставить галку в Automatically increase by 100. В этом случае программа будет самостоятельно увеличивать количество деревьев в памяти.
В следующей вкладке Starting trees спрашивается, как выбирать стартовое дерево.
Первое, что предлагается - это stepwise addition, что это такое, я объяснила ранее. Тут тоже лучше оставить все как есть для стандартных случаев. Есть также опция neighbour joining, видимо, для молекулярных данных, и также опции для случаев, если уже есть деревья в памяти.
Следующая вкладка касается stepwise addition.
Тут лучше поставить галку на random, это означает, что при добавлении таксонов друг другу таксоны будут выбираться случайным образом. И количество репликаций надо поставить не менее 1000. Это по сути, сколько раз будет проводиться ваш анализ. То есть 1000 раз будет искаться новое начальное дерево, и уже на его основе будет запускаться обмен ветвями.
Ну и внизу спрашивается, сколько деревьев сохранять в конце. Можно поиграться с настройками, но вроде это ничего особо не меняет.
Следующая вкладка касается обмена ветвей.
Разумеется, лучше выбрать TBR. Ну и другие настройки тоже оставить по умолчанию. Можно поиграться со стратегией, если результаты не очень стабильные, но в этом случае лучше тогда уже пересмотреть матрицу.
Вкладка Misc касается настроек окна с прогрессом анализа.
Тут я тоже ничего не меняю.
Жмем Ок, и появляется окно с прогрессом анализа.
Анализ у меня занял примерно 5-10 секунд с 1000 репликаций и примерно полминуты с 10000 репликаций.
Вот и результаты. Те же самые 2 дерева с длиной 144 шага.
Делаем строго согласованное дерево.
В очередной раз можно убедиться, что разные программы и анализы выдают один и тот же результат (сравните с Branch-and-Bound в Paup, а также с TNT (Часть 1 и Часть 2) и Winclada).