Мария Григорьевна была дочерью самого жестокого опричника царя Ивана Грозного Малюты Скуратого. Григорий Лукьянович Скуратов-Бельский, более известный как Малюта Скуратов был выходцем из провинциального дворянства и выдвинулся только благодаря преданности царю, а также решительности, беспринципности и жестокости. Он возглавлял в Опричнине сыскное ведомство, не гнушался и ремеслом палача, казня и замучивая насмерть тех, кого Иван Грозный считал своими врагами.
Сыновей, которым можно было бы доставить выгодные чины и должности, Малюта не имел. Зато трем своим дочерям он нашел блестящие партии: на старшей женился двоюродный брат Ивана Грозного, князь Иван Михайлович Глинский, а младшая стала супругой князя Дмитрия Ивановича Шуйского (родного брата будущего царя Василия Шуйского).
Среднюю дочь Малюты Скуратова, Марию, в 1571 году просватали за племянника царского постельничего Дмитрия Ивановича Годунова восемнадцатилетнего Бориса. В этом браке жених и невеста во всем- были ровней: оба не отличались знатностью происхождения, при этом обладали характером и волей, помогавшими реализовать их непомерные амбиции. Благодаря женитьбе на Скуратовой Борис Годунов смог укрепить свое положение при царском дворе.
У Бориса и Марии были трое детей, старший сын умер, в истории остались только дочь Ксения и сын Федор. После смерти Федора Иоанновича перед семьей Годуновых открылись большие перспективы. Многие современники и историки в будущем считали, что все амбиции Бориса Годунова поощряла его супруга Мария. Голландский купец Исаак Масса писал, что у Марии сердце Семирамиды, она была властолюбива, постоянно стремилась к возвышению и мечтала стать царицей. Это она постоянно убеждала своего мужа, что кроме него никто не может взойти на трон после смерти Федора, хотя просили остаться на троне и сестру Годунова царицу Ирину и был еще малолетний Дмитрий от Марфы Нагой. Исаак пишет, что Мария во всем помогала супругу и была еще более жестокой чем он. Именно ее честолюбие двигало ее мужа.
И вот в 1598 году мечта Марии сбывается, ее муж взошел на престол став первым в России не прирожденным, а избранным государем. Мария чувствовала себя в царских палатах властной хозяйкой, желающей все контролировать и всем распоряжаться. С ее именем современники связывают многочисленные придворные интриги.
Мария Григорьевна старалась окружать себя людьми, казавшимися ей преданными, которым она могла поручить собирать сведения о представителях знатных родов, подслушивать разговоры, узнавать о составлявшихся настоящих и мнимых заговорах. Ведь для царицы не являлось секретом, что знать считает Бориса незаконным царем. Особую опасность представляли братья первой жены Ивана Грозного, Захарьины-Юрьевы, и князья Рюриковичи Шуйские. Хотя все они находились в ссылке или были пострижены в монахи, в любой момент могли объединить вокруг себя противников Годуновых.
Будущее своей династии царь Борис и царица Мария видели в детях. Царевич Федор Борисович был от природы наделен многими способностями. С помощью иностранных учителей он обучался языкам и разным наукам, чтобы, когда придет время, стать просвещенным государем европейского уровня. Царевич любил рисование, чертежное дело и картографию.
Он собственноручно составил подробную карту русского государства (до этого были известны только карты Московии, нарисованные иностранцами). Она была издана уже после его смерти, в 1613 году, в Амстердаме. Грядущее блистательное царствование Федора Годунова должно было помочь современникам забыть о том, как досталась власть его родителям.
Особой заботой царь и царица окружили свою дочь Ксению. Ей требовалось найти достойного жениха. Кандидатуры отпрысков русских знатных родов не рассматривались. Годуновы не хотели приближать к трону своих конкурентов. Лучшим вариантом было бы найти иноземного принца, который согласился бы принять православие и жить при дворе тестя. При этом жених не испытал бы при знакомстве с невестой культурного шока. Ксения, как и ее брат, знала несколько языков, умела читать и писать, обучалась пению и танцам, сочиняла стихи.
Богатства и растущее влияние Русского государства привлекали многие правящие дома Европы, но выдвигаемые Годуновыми условия отпугивали потенциальных женихов. Ничем не завершились переговоры с австрийскими Габсбургами, с английскими Тюдорами и Стюартами. Продолжающиеся войны с Речью Посполитой заставили обратить внимание на ее противников, Швецию и Данию. Русские интересы требовали использовать брак Ксении в дипломатических целях.
Первым реальным женихом семнадцатилетней царевны в 1599 году стал Густав -сын низложенного шведского короля Эрика XIV. Он был прекрасно образован, знал многие европейские языки, в том числе польский, а за познания и способности в области химии получил прозвище Второго Парацельса. Но принц Густав разочаровал Годуновых.
Густав наотрез отказался принять православие, а потом выяснилось, что кроме химических приборов и инструментов он привез немку-любовницу - замужнюю хозяйку гостиницы из Дана (ныне Гданьск), а заодно и ее супруга. Расстаться с обоими Густав не захотел и стал требовать, чтоб его отпустили обратно в Европу, грозил в противном случае поджечь Москву. Но царь несостоявшемуся зятю свободы не предоставил. Принц был взят под стражу и отправлен «княжить» все в тот же Углич, где за восемь лет до этого погиб последний законный наследник русского престола, царевич Дмитрий. Там Густав вволю занимался своими химическими опытами до смерти Бориса Годунова. При Лжедмитрии его насильно перевезли в Ярославль, и закончил он свою жизнь в 1607 году в Кашине, всеми забытый и потерянный, как для политики, так и для науки.
Следующее сватовство оказалось более удачным. Женихом Ксении стал Иоганн Шлезвиг- Гольштейнский, брат датского короля Христиана IV. Ради женитьбы на Ксении он бросил военную карьеру в войсках испанского короля, за интересы которого воевал в Голландии. В этот раз Годуновы были более осторожны и не стали принуждать Ганса (так Иоганна стали называть в Москве) менять веру, даже обещали построить для него «немецкие церкви» в столице и Твери. Борис Годунов преподнес будущему зятю золотую цепь с алмазами, которую ему самому в 1591 году пожаловал царь Федор Иванович. Этим государь как бы демонстрировал, что намерен в будущем сделать Ганса преемником.
Кажется, Ганс и Ксения понравились друг другу, и к радости отца и матери, шло к счастливой свадьбе. Но жених внезапно заболел расстройством желудка и несмотря на усилия придворных лекарей скончался 27 октября 1602 года. Скорее всего, его смерть была вызвана серьезной инфекцией, но молва обвинила в гибели «королевича» заведовавшего аптекарским приказом боярина Семена Годунова троюродного брата царя Бориса. Несомненно, слухи распускали недоброжелатели Годуновых. Самим же членам правящей династии смерть законного представителя европейского владетельного дома была совершенно не выгодна.
После смерти принца Иоганна руку царевны Ксении предлагали грузинскому царевичу Хозрою, но проблемы с престолонаследием в Картлийском царстве не способствовали его поездке в Москву.
В апреле 1604 года была достигнута договоренность о браке Ксении с младшим сыном Шлезвигского герцога Филиппом. Однако в это время в Европе уже было известно о появлении в Польше «царевича Дмитрия», сына Ивана Грозного, якобы спасшегося во время покушения в Угличе и собирающегося вернуть себе «законный» трон. В связи с этим жених благоразумно решил повременить с поездкой в Русское государство.
Совсем некстати «воскресший» царевич Дмитрий драматическим образом изменил жизнь царской семьи. Борис Годунов и Мария Григорьевна приказали привезти из дальнего северного монастыря в Москву последнюю жену Ивана Грозного, Марфу Нагую, и вместе с патриархом Иовом допрашивали ее, не гнушаясь угрозами. По некоторым данным, царица даже хотела прибегнуть к отчаянным мерам и питалась выжечь вдове Ивана IV глаза, чтобы добиться ответа, действительно ли самозванец приходится ей сыном, или его заявления ложь. Но ответ Марии Нагой был таким туманным, что лишь посеял новые сомнения. Ни царь, ни царица больше не знали покоя.
В октябре 1604 года Лжедмитрий I с наемным войском вторгся в Русское государство, началась война. События развивались медленно и с переменным успехом. Но истощенный постоянными переживаниями организм Бориса Годунова не выдержал напряжения. Пятидесятитрехлетний государь скончался 13 апреля 1605 года от апоплексического удара. По свидетельству современников, собравшиеся у постели умирающего царя бояре спросили, не желает ли он, чтобы дума в его присутствии присягнула наследнику. Но Борис успел только произнести: «Как Богу угодно и всему народу».
Во избежание бунта о смерти царя сообщили только на другой день, одновременно приведя народ к присяге царице Марии Григорьевне и царевичу Федору Борисовичу. Современник описываемых событий, дьяк Иван Тимофеев, с сочувствием пишет о вдовой государыне: «После смерти царя Бориса осталась супруга его, как вдовствующая горлица, имеющая при себе только две отрасли: именно сына, называемого даром Божиим, и дочь девицу, живущую в тереме, вполне уже созревшую для брака».
Мария Григорьевна стала регентшей при своем шестнадцатилетнем сыне. При других условиях «русская Семирамида» могла бы торжествовать ее жажда высшей власти была, наконец, удовлетворена. Но сейчас было некогда радоваться и почивать на лаврах, требовалось предпринять срочные меры, чтобы успокоить народ. Мария Григорьевна стала искать поддержку у своего двоюродного брата Богдана Бельского, который был выслан в ссылку, но тот перешел на сторону Лжедмитрия. Помощь мог бы оказать воевода Петр Федорович Басманов, он добровольно присягнул царевичу Федору Годунову, надеясь тем самым стать главным воеводой. Но родственник Годуновых протолкнул на эту должность своего зятя и Басманов перешел на сторону Лжедмитрия. Ряды сторонников Марии Григорьевны и ее сына буквально таяли на глазах.
1 июня 1605 года в Москве начался бунт. Бунтовщики ворвались в Кремль, царицу Марию Григорьевну с детьми принудили покинуть царские покои и переселиться в находившиеся на территории Кремля палаты Годуновых, где к ним приставили стражу. В отчете английского посла отмечалось, что во время бегства царицы в более безопасное место c eё шеи было сорвано жемчужное ожерелье, и она должна была считать себя счастливою, что ей удалось ускользнуть, и то с великим трудом.
Однако, оставаясь в живых, царская семья представляла опасность: юный царь Федор Борисович и его мать могли стать оплотом противников Лжедмитрия. Поэтому, как пишет Конрад Буссов, самозванец поставил ликвидацию семьи Годуновых условием своего въезда в Москву, причем распоряжение об их убийстве отдал не тайно, а в открытом послании для москвичей. 10 июня после ареста патриарха Иова в палаты Годуновых явился боярин Василий Голицын со стрельцами и приказал убить Федора и его мать. По словам шведского дипломата Петра Эрлесунда, убийство совершил подьячий Иван Богданов, тайно присланный для этого самозванцем в Москву. Царь Федор Борисович, будучи сильным и физически развитым юношей, попытался оказать сопротивление, но силы были неравны: Федора и царицу Марию Григорьевну задушили. Народу объявили, что они совершили самоубийство, отравившись ядом, но Эрлесунд свидетельствует, что, когда их тела выставили на всеобщее обозрение, на них явственно читались следы насильственной смерти («и следы от веревки, которой они были задушены, я видел собственными глазами вместе со многими тысячами людей»).
Тела Марии Григорьевны и Федора Годуновых вместе с извлеченными из Архангельского собора останками царя Бориса похоронили в скудельничем Варсонофьевском монастыре, предназначенном для захоронения нищих и безродных бродяг, а также убитых разбойниками и умерших нечаянной смертью без церковного покаяния. Такое погребение должно было унизить род Годуновых, подчеркнуть, что по своему происхождению они недостойны трона.
Царице Марии Григорьевне осталась неведома судьба дочери. Убив мать и брата, Ксению оставили в живых, чтобы победитель мог насладиться ее красотой. Девушку отвезли в дом князя Мосальского, где она жила около месяца. Венчавшись на царство 30 июля 1605 года, Лжедмитрий приблизил ее к себе и сделал наложницей, как писал Исаак Масса, самозванец "в течение некоторого времени проявлял свою волю над дочерью царя Бориса Годунова". Современники и историки более позднего времени не раз задавались вопросом, почему царевна, постоянно находясь рядом с Лжедмитрием, не пыталась убить его или покончить с собой. Но дочь Бориса Годунова и внучка Малюты Скуратова, вероятно, с раннего детства росла с мыслью, что главным в жизни является власть, и за близость к ней можно заплатить любую цену. Возможно, она надеялась очаровать губителя своих родных и стать законной женой нового государя. Ведь молодая царевна слыла красивейшей девушкой Русского государства (была среднего роста, белолицей, темноволосой, темноглазой). Лжедмитрия 1 - по одной из версий, беглого монаха кремлевского Чудова монастыря Григория Отрепьева - влекла к ней не только красота, но и магия власти ее родителей. Ксения и Лжедмитрий сблизились настолько, что это встревожило отца невесты самозванца - польского магната Юрия Мнишека. По его настоятельному требованию Лжедмитрий сослал Ксению в Горицкий Монастырь на Белом озере, где она насильно была пострижена в монахини под именем Ольги.
После гибели самозванца, при царе Василии Шуйском (1606-1610) инокиню-царевну перевели в Москву, ей вернули пожалованные отцом вотчины и поместья. Ксении Борисовне разрешили торжественно перенести останки родных из Варсонофьевского монастыря в Троице-Сергиев, где они покоятся и ныне, в отдельной усыпальнице.