Проточная цитометрия - это своего рода счетчик. Аппарат, которым пользуются молекулярные биологи - это проточный цитометр. В чем его идея? Проточный цитометр и подсчитывает отдельные клетки, проходящие в потоке через лазерный луч. То есть, когда клетка проходит через лазерный луч, то она заслоняет его от фотодетектора напротив, соответственно это распознается, как клетка. Цитометр способен разделять обнаруженные клетки, то есть он позволяет проводить сортировку клеток с активированной флуоресценцией (FACS).
Клетки в смешанной популяции сначала метятся флюорохромом, затем смесь нагнетается через сопло, тем самым создавая тонкую струю жидкости содержащую клетки, расположенные одиночно через интервалы. Каждая клетка проходит через лазерный луч и рассеивает свет, и молекулы флюорохрома возбуждаются лазером, при этом фотодетектор на обратной стороне обнаруживает рассеянный свет, который информирует нас о размере и различных деталях исследуемых клеток.
FACS расширяет возможности проточной цитометрии за счет использования электрических или механических средств для сбора клеток.
Данные проточной цитометрии отображаются в виде графика зависимости интенсивности флуоресценции от количества клеток.