Академия выросла из первоначальной Богоявленской школы, открытой в 1685 году при участии греческих ученых-иеромонахов, братьев Иоанникия и Софрония Лихудов. Именно они создали учебную программу, ориентированную на программу Падуанского университета. Братья Лихуды в работе со студентами пользовались иностранными пособиями, а также сами писали учебники на русском языке по всем предметам, которые они преподавали: греческая грамматика московской, костромской и новгородской редакции, латинская грамматика, поэтика, две риторики, логика, физика, богословие, эпистолярное искусство и музыка. Монахов поселили в Заиконоспасском монастыре, к которому позднее прирезали участок земли и построили на нем трехэтажное здание Коллегиума – учебный корпус академии.