Признаюсь, я давно не запускала парсимониальный анализ в PAUP, и давно не считала successive weighting, просто потому что для меня это избыточно. За время, прошедшее с тех пор, вышла новая версия PAUP, которая по интерфейсу несколько отличается от прежней. И я решила сама проверить, как запускать анализ в этой программе. У нее огромный мануал, который можно скачать по вот этой ссылке.
Давайте посмотрим, как запускать парсимониальный анализ. Для этого надо скачать и установить PAUP вот с этого сайта. Убедитесь, что вы скачали правильную версию для своей операционной системы. Поскольку программа устанавливается, то открыть ее можно через пуск.
Откроется вот такое окно.
В PAUP можно работать как из меню, так и из командной строки. Судя по мануалу, у него много разных функций, и я тоже его использую иногда для других целей.
Для начала надо открыть файл. Подойдет .nex сохраненный из Mesquite, в Mesquite экспортировать в другой формат файл не надо, просто сохранить. Как работать в Mesquite с матрицей я объясняла до этого (Часть 1 и Часть 2).
В главном меню нажимаем File, потом выбираем Open. Убедитесь, что при открытии у вас File Open Mode обозначен как Execute, а не Edit.
Если процесс прошел нормально, то должна появиться информация о матрице (количество таксонов и признаков). И фраза, Processing of input file ... completed. Тут же будут написаны характеристики матрицы: количество таксонов и признаков.
Теперь есть несколько опций для парсимониального анализа. Чтобы их увидеть, в главном меню выбираем Analysis. Убеждаемся, что около Parsimony стоит галка.
Тут три опции. Первая - Exhaustive search (полный перебор). Он работает на матрицах до 12 таксонов. PAUP выдаст вам такое сообщение, если выбрать эту опцию. У меня 27 таксонов, так что я выбираю для начала Branch-and-bound. Будет вот такое окно.
Тут ничего менять не надо. Жмем ок. Далее появится окошко с прогрессом анализа.
Результат в моем случае появился очень быстро (анализ шел менее минуты). Сохранилось 2 дерева с длиной 144. Чтобы увидеть результат в виде строго согласованного дерева, в главном меню выбираем Trees, и в выпадающем меню - Compute Consensus.
В отличие от TNT и Winclada, тут можно выбрать конкретные деревья, которые вы хотите согласовать (но на практике такое пригождается довольно редко). Но и можно выбрать тип согласования. Сейчас нужно строгое (strict).
Вот и строго согласованное дерево.
Укоренение автоматически по первому таксону в матрице.
Как видите, формат дерева неинтерактивен, и не очень удобен для дальнейшей работы с признаками.
Топологию можно сравнить с тем, что получилось в TNT (Часть 1 и Часть 2) и Winclada, все точно также.