Федор Егорович родился 2 августа 1859 года, в семье священника. Выпускник Императорского Казанского университета.
С 1880 года Пактовский начал педагогическую деятельность, преподавая в казанской и двух саратовских гимназиях. 30 ноября 1889 года Федор Егорович был избран членом Саратовской учёной архивной комиссии. В 1899 году переведён на должность преподавателя русского языка в Казанское реальное училище. В 1902 году назначен в Харьковский учебный округ инспектором Моршанского реального училища Тамбовской губернии.
С 1 июля 1905 г. приказом Министерства Народного просвещения назначается директором Белгородского учительского института, которым руководил один год. С 1906 и до 1916 года Фёдор Егорович трудится на посту директора второй Харьковской гимназии. Архивы, а также печатные издания «Харьковских календарей» говорят о том, что к должности директора второй харьковской гимназии он приступил в чине статского советника, за службу был награжден орденами: Св. Владимира 4 ст., св. Анны 2 ст., Св. Cтанислава 2 ст. и медалью в память царствования Императора Александра III.
После завершения работы в Харькове, судьба приводит Пактовского в Феодосию, где тот становится председателем педагогического совета Учительского института.
Семья Фёдора Егоровича Пактовского была очень открытой. Её связывали дружеские отношения со многими представителями интеллигенции. Например, Пактовские были дружны с семьёй Фёдора Михайловича Достоевского – племянника писателя, который длительное время работал учителем музыки в Саратовском Мариинском институте благородных девиц.
Фёдор Егорович увлекался сценической и театральной работой с учащимися, писал сценарии и пьесы для детского театра. Полемизировал в вопросах выбора героя с Чеховым: в работе «Современное общество в произведениях А. П. Чехова», написанной в Казани в 1901 году, критиковал знаменитый рассказ «Дама с собачкой». Фёдор Егорович также изучал творчество Николая Васильевича Гоголя, написанные брошюры «В день пятидесятилетия со дня смерти Н.В. Гоголя» (1902) и «К столетию со дня рождения писателя» (1909) известны широкому кругу читателей. Первая была опубликована в Казани, вторая – уже в бытность Пактовского директором второй Харьковской гимназии.
Педагог и публицист умер в 1922 году в возрасте 66 лет. У Фёдора Егоровича Пактовского было четверо детей – два сына и две дочери.