Изучение московских недр осложнено еще и потому, что многие известные на сегодняшний день археологические находки, такие как подземелья и подземные ходы, с недоступными и не изученными камерами, замурованными ходами, законсервированными историческими объектами часто находятся в статусе особо охраняемых с точки зрения безопасности. Историческая же картина остается неполной. И еще один враг археологии - это строительство на исторической части города новых сооружений без учета богатства содержания культурного слоя. Особенно варварским подобное строительство было при советской власти. И если в XIX веке решения по сносу исторических сооружений и изменению облика города контролировались градоначальниками, выборными городскими головами и московской думой, то после 1917 года все права на застройку города оказались в руках государственных служб.
