Спецификой проектных организаций в области гидроэнергетики, существовавших в СССР в 1930-1940-е годы, было их разделение на две ветви по ведомственной принадлежности.
Первая ветвь вела свое начало от проектных отделов и групп, обеспечивавших строительство первых советских гидроэлектростанций и занимавшихся перспективным планированием. В 1927 году они были сконцентрированы в составе треста "Энергострой". В 1930 году строительные и проектные организации в области гидроэнергетики были выделены из него в самостоятельный трест "Гидроэлектрострой". В 1932 году его проектное управление выделяется в отдельный трест "Гидроэлектропроект" (позднее - «Гидроэнергопроект», сокращенно ГИДЭП). ГИДЭП размещался в Москве и имел отделения по всей стране, число которых к концу 1950-х годов достигло девяти.
Вторая ветвь находилась в подчинении НКВД (позднее - МВД), ее создание было связано, с одной стороны, с большим количеством инженеров, арестованных по "контрреволюционным" статьям, а с другой - с все возрастающим привлечением заключенных ГУЛАГа к гидротехническому строительству. Она ведет свое начало с проектировщиков Беломорско-Балтийского канала, которые впоследствии перешли в проектные подразделения строительства канала им. Москвы. Постепенно проектные организации отдельных строек сложились в крупный коллектив, получивший название "Гидропроект", занимавшийся реализацией таких масштабных проектов, как Жигулевская и Волжская ГЭС, Волго-Донской канал.
В 1953 году "Гидропроект" становится гражданской организацией, подчиненной Минэнерго. Ситуация существования двух примерно равных по численности организаций одного профиля, не смотря на попытки географически разделить зоны их деятельности, была очевидно нерациональной, и в 1962 году "Гидроэнергопроект" был присоединен к "Гидропроекту".
Объединенный "Гидропроект" вошли 13 проектных организаций по всему СССР; его наиболее крупными отделениями являлись Московское и Ленинградское. При этом Московское отделение, продолжая работу над крупными проектами внутри страны, такими как Усть-Илимская ГЭС, Богучанская ГЭС и Загорская ГАЭС, взяло на себя очень большой объем работ по зарубежным гидроэлектростанциям.
Распад СССР привел и к распаду единого "Гидропроекта". Все его отделения стали самостоятельными организациями (в частности, Ленинградское отделение превратилось в институт "Ленгидропроект"), а название головной организации - Институт Гидропроект им. С.Я. Жука - перешло к бывшему московскому отделению.
Сегодня институт Гидропроект входит в состав РусГидро и продолжает проектировать гидроэлектростанции и гидротехнические сооружения как в России, так и за ее пределами.