В прошлый раз я написала о том, как посчитать статистические поддержки в TNT. Теперь пришла очередь поддержек Бремера (их суть объяснена здесь).
Для того, чтобы их посчитать, надо сначала провести филогенетический анализ любым способом (как это делать, написано по ссылкам Часть 1 и Часть 2). На основе его результатов и деревьев в памяти программы будут подсчитываться поддержки.
Когда анализ завершится, надо в главном меню выбрать Trees, и в выпадающем меню Bremer Supports.
Появится вот такое окно
Тут можно все оставить как есть. Только в Calculate supports надо переставить галку с "existing suboptimal trees" на "TBR from existing trees". Дело в том, что TNT в норме не сохраняет все деревья, потому что это будет требовать много памяти и времени. Поэтому потребуется сделать дополнительно TBR на имеющихся деревьях, чтобы найти больше топологий с определенной длинной.
Давайте проведем эксперимент и оставим галку на existing suboptimal trees, то есть использовать деревья, которые уже есть в памяти. И нажмем OK. Получится вот такое результат, и, как видите, смысла в нем нет.
Теперь давайте все же поставим галку на TBR from existing trees. Тут у нас программа спрашивает, какой длины сохранять деревья при TBR. То есть насколько шагов больше длины самых экономных деревьев надо сохранять результат.
Например, если у нас длина самого экономного дерева 50, и мы в этом окне поставим 2, то он будет сохранять все, что длиной 51 и 52. Если поставим 5, то будет сохранено все, что имеет длину 51, 52, 53, 54 и 55, и так далее. И уже из этих результатов будет высчитываться поддержка. Я обычно ставлю 10, потому что, как правило, через 10 шагов все ветви схлопываются.
Жмем ок, и программа выдает вот такой результат
Его можно сохранить в графическом режиме, как описано здесь.
В этом случае самое экономное дерево имеет длину 198. Самая высокая поддержка здесь - 4, таким образом при построении строгого соответствия всех деревьев с длинами 198, 199, 200, 201 остаются только три ветви, у которых поддержка 4. При добавлении деревьев с длиной 202 схлопываются все ветви.
Считается, что этот способ считать поддержки Бремера завышает результаты, и надо считать поддержки с помощью скрипта Bremer.run, который скачивается вместе с программой. Этот скрипт должен вроде как строить результат на большем количестве деревьев. Еще раз предупреждаю, что скрипты tnt работают, только если сам tnt.exe файл, матрица и скрипт лежат в одной папке. В пути к этой папке не должно быть кириллицы и пробелов. Чем проще путь, тем больше вероятности, что все запустится.
Запускаем скрипт, написав в командной строке Bremer.run (то есть название файла со скриптом). Убедитесь, что в вашем случае файл называется именно так. Если нет, то введите название вашего файла со скриптом.
Появляется вот такое окно
Тут ничего менять не надо. После того, как вы нажали Ok, программа может выдать несколько (или несколько десятков) предупреждений до того, как выдаст результат.
Я привожу для сравнения два дерева. Слева то, которое получилось при запуске расчета поддержек Бремера из меню, справа - из скрипта.
В целом поддержки очень похожи, но все же не идентичны. В двух случаях в результатах из меню действительно поддержки выше, однако в одном случае в результате из скрипта тоже есть поддержка на 1 выше того, что из меню. Так что нельзя сказать, что расчет из меню действительно всегда завышает поддержки. Что из этого использовать? Вроде как запуск из меню проще и всегда работает. С другой стороны запуск из скрипта считается достовернее. Возможно, стоит все же оба способа попробовать.
И осталось сравнить результат с тем, что получилось при подсчете статистических поддержек. Здесь я поместила поддержки Бремера из скрипта и Jacknife supports (symmetric resampling и bootstrap supports похоже на них).
Клады, которые были всегда примерно 90 или выше при подсчете статистических поддержек, здесь также поддерживаются довольно высокими значениями 3 или 4 (я отметила такие ветви красным).
Однако некоторые ветви имеют значительные поддержки Бремера (3), но в случае статических поддержек эти они либо не поддерживаются, либо "на грани" примерно 50 (такие случаи отмечены желтым). Ну и один случай обратный, я отметила синим, когда клада поддержана статическими поддержками, в данном случае 60, но поддержки Бремера у нее нет (то есть 1).
Таким образом, есть смысл считать как статистические поддержки, так и поддержки Бремера, чтобы удостовериться в том, что клада действительно хорошо поддерживается.