Внутри цитадели сохранились бани, система водоснабжения крепости из керамических труб, руины шахского дворца — большой входной портал и часть стен. Мнение о существовании здесь раннехристианского храма IV—V веков (древнейшего на территории России) различно. Одни специалисты считают крестово-купольное помещение водохранилищем; другие отмечают отсутствие внизу водовода и наземность (а не полуподземность или подземность) конструкции, считают форму постройки неудобной для водохранилища, которое в Дербенте обычно прямоугольной или квадратной основы, а также подмечают ориентацию сооружения по сторонам света
Дербент расположен в наиболее стратегически уязвимом месте Прикаспийского прохода, где горы Большого Кавказа ближе всего подходят к морю, оставляя лишь узкую 3-км полоску равнины. Дербентская крепость — это часть грандиозной оборонительной системы, защищавшей народы Закавказья и Передней Азии от нашествий кочевников с севера. Система включала в себя городские стены, цитадель, морские стены и Горную стену Даг-бары.