Ботулотоксин обнаружили в 1793 году в Германии. Однажды 30 человек в одной деревне умерли после того, как съели кровяную колбасу. В течение 10 лет в Германии наблюдались похожие смерти, и власти выпустили предупреждение, которое называлось «Вредное употребление копченых кровяных сосисок».
В 1820 году медицинский писатель Юстинус Кернер изучил истории 76 пациентов и выпустил монограмму «Новые наблюдения о смертельном отравлении, так часто встречающиеся в Вюртемберге из-за потребления копченых колбас». Позже он описал механизм болезни, но о бактериях тогда ничего еще не было известно, поэтому Кернер предположил, что яд содержится в жире.
В 1870 году немецкий врач Мюллер ввел термин «ботулизм» для отравления колбасой. Botulus — колбаса на латинском.
В 1895 году бельгийский микробиолог Эмиль ван Эрменгем открыл бактерию Clostridium botulinum. Токсин, который она вырабатывает, и вызывает ботулизм.
В 1885 году в бельгийской деревне Эльзеллес произошла вспышка ботулизма среди людей, которые ели на похоронах копченую ветчину. Изучив ветчину и вскрыв трупы, Эрменгем смог выделить микроорганизм, который назвал Bacillus botulinus.
Сначала считалось, что ботулизмом можно заболеть только от мяса и рыбы. Но в 1904 году, опять же в Германии, люди отравились консервированной фасолью. После этого в Clostridium botulinum выделили 2 штамма — штамм A (в мясных продуктах) и штамм B (в овощных консервах). В медицине и косметологии на данный момент чаще используется тип A.