Бόльшую часть споров о том, как Евангелие от Иоанна соотносится с Синоптическими Евангелиями, в рамках настоящего исследования рассмотреть достаточно глубоко не представляется возможным. Общепризнано, что Евангелие от Иоанна было написано позднее Синоптических. Очевидно, что Иоанн знал о других евангельских повествованиях, как очевидно и то, что он не использовал их в своей книге. Было бы логичным ожидать, что все четыре книги о жизни и учении Иисуса будут содержать большей частью одни и те же сведения. И действительно, все четыре повествования включают рассказы об Иоанне Крестителе, насыщении пяти тысяч, триумфальном въезде, последней вечере и страданиях Иисуса. Кроме того, все евангелия сообщают об очищении храма и помазании Иисуса; однако эти события изображены в них в различных контекстах жизни Иисуса. На этом сходства, в основном, заканчиваются. Даже беглого взгляда на Евангелие от Иоанна достаточно, чтобы заметить несколько важных отличий.
Во-первых, значительная часть материала, содержащегося в Синоптических Евангелиях, отсутствует у Иоанна. В отличие от трёх остальных евангельских повествований, Иоанн не рассказывает о рождении от непорочной девы, об искушении Иисуса, о преображении, об установлении Господней вечери, об изгнании демонов, не говоря уже об иллюстрирующих притчах. Хотя в евангелии сообщается о пребывании Иисуса и учеников в Гефсиманском саду, оно ничего не говорит об агонии Иисуса, когда Он там был. Рассказ о крещении Иисуса (см. 1:29–34) и призвании учеников носит довольно общий характер. Лишь в 3:3, 5 и 18:36 Иоанн использует слова, относящиеся к теме «царства», хотя и это понятие, и проповедь о нём повсеместно встречаются в Синоптических Евангелиях.
Во-вторых, в книге Иоанна содержится материал, который отсутствует в остальных евангелиях. К ним относятся: Пролог (1:1–18), чудо в Кане (2:1–11), встреча Иисуса с Никодимом (3:1–21) и самарянкой (4:1–42), исцеление хромого (5:1–47), возвращение зрения слепорождённому (9:1–41), воскрешение Лазаря (11:1–57), обширные монологи Иисуса (см. 6:26–71; 8:12–59; 10:1–21) и личные беседы с учениками (см. 14:1―17:26), важные аспекты рассказа о страданиях. Большая часть этих материалов указывает на то, какое значение придавал Иоанн служению Иисуса в Иудее и Самарии по сравнению с Галилеей, а также другим темам.
В-третьих, подача материала в книге Иоанна отличается от остальных евангелий. Монологи и беседы занимают больше места по сравнению с повествованием о событиях и находятся совершенно в ином пропорциональном соотношении друг ко другу, чем в Синоптических Евангелиях. Кроме того, стиль бесед и монологов в книге Иоанна совсем другой. Дональд Гутри отмечает, что Иоанн (в отличие от Синоптических повествований) изображает Иисуса «в роли иудейского раввина, использующего раввинские методы ведения спора, а не более популярный подход, о котором сообщается в остальных книгах». Греческий язык Иоанна проще, чем язык Синоптических Евангелий. Предложения и обороты соединяются простыми союзами, преимущественно сочинительными. Кроме того, стиль монологов и бесед практически идентичен повествовательному стилю, так что сложно провести границу между учением Иисуса и учением автора.
В-четвёртых, в книге Иоанна содержится ряд хронологических несоответствий с Синоптическими Евангелиями. Пожалуй, больше всего вопросов вызывает датировка очищения храма, длительность служения Иисуса и события вокруг страданий.
Первая проблема, связанная с датировкой, вызвана тем, что Евангелие от Иоанна помещает очищение храма в начало служения Иисуса (2:14–17), тогда как Синоптические Евангелия ― в его конец (Мф. 21:12, 13; Мк. 11:15–17; Лк. 19:45, 46). Были предприняты разные попытки разрешить это противоречие; в том числе, высказывалось предположение, что было лишь одно очищение храма, а Иоанна был более заинтересован в теологии, чем в хронологии. Согласно другому объяснению, было два очищения храма: одно в начале, а другое в конце земного служения Иисуса.
Следующая проблема касается продолжительности служения Иисуса. Поскольку Иоанн упоминает три Пасхи (2:13; 6:4; 11:55), складывается впечатление, что служение Иисуса длилось от двух до трёх лет. Общее слово «праздник» в 5:1 может быть указанием на четвёртую Пасху; в таком случае, можно говорить о том, что служение Иисуса продолжалось более трёх лет.
Последняя проблема с датировкой относится к событиям вокруг страстей или страданий Иисуса. В связи с этим следует отметить два момента. (1) Определение времени Последней вечери представляется сложным в силу того, что Синоптические Евангелия однозначно говорят о том, что Иисус и Его ученики праздновали Пасху в четверг вечером (Мф. 26:17–30; Мк. 14:12–26; Лк. 22:7–39). Однако отдельные места в книге Иоанна вынудили некоторых исследователей предположить, что он помещает Последнюю вечерю на вечер среды (см. 13:1, 29; 18:28; 19:14, 31, 42). Если это так, тогда распятие произошло во второй половине четверга во время подготовки к празднику. Это приводит к несоответствию с хронологией Синоптических Евангелий. (2) Иоанн изображает Пилата как человека, которому принадлежит окончательное решение распять Иисуса «в час шестой» (19:14), тогда как Марк сообщает, что «был час третий», когда Его распяли (Мк. 15:25). Были предприняты различные попытки объяснить и это несоответствие.