Историк Владимир Куковенко выдвинул достаточно стройную версию о замене Петра двойником в 1691. Остановимся на ней подробно. Осенью 1691 года при военных учениях «потешной армии» царь Пётр был смертельно ранен в результате несчастного случая. Всевозможные ранения и даже со смертельным исходом не были редкостью во время учений. В том же бою был ранен и стольник царя князь Иван Дмитриевич Долгорукий, который вскоре скончался. Князь Федор Ромодановский с помощью Ивана Бутурлина и других высокопоставленных офицеров потешных полков опасались опалы в случае смерти царя, ведь это они когда-то помогли Нарышкиным и Петру придти к власти, упрятав царевну Софью в монастырь. Они решили подменить царя похожим человеком. Как оказалось среди прибывших в 1691 в Москву голландских корабельных мастеров был Яан Муш, который был внешне похож на царя, но младше его на несколько лет. Двойника под предлогом необходимости постройки кораблей отправляют в Переяславль-Залесский. Туда же приезжает голландец Франц Тиммерман, что следует из исторических документов. Именно он обучает двойника русскому языку, русской грамоте и прочим наукам, то есть всему тому, что знал настоящий царь Петр. Для обучения протестанта Яана Муша основам православной веры и церковным ритуалам были присланы церковные уставы. Так голландец Яан Муш стал русским царем Петром Алексеевичем, но Россией фактически правила часть элиты во главе с князем-кесарем Федором Ромодановским. Почему -то в своих письмах из походов и заграничных поездок Петр отчитывался перед кесарем, как подчиненный перед государем и нередко просил у него совета. Страх перед разоблачением и постоянное нервное напряжение вызвали у Муша припадки. Со слов современников на двадцатом году жизни, а именно в 1691-1692 у Петра неожиданно появляется заболевание — «трясение головы», страшные и мучительные судороги лицевых мышц, продолжавшиеся несколько часов. Судорогам сопутствовали вспышки дикого гнева. Ранее припадков у царя не наблюдалось, что ясно из записок француза Невиля от 1689: «Царевич Петр был коронован к удовольствию всей России; этот государь очень приятен и строен, судя по живости его ума можно бы ожидать великих дел от его правления, если бы он получил хорошее руководство». Спустя три года до Невиля доходят новые сведения о внешнем виде Петра и он заносит их в свои записки: «Единственное его достоинство — жестокость; глаза его, хотя и большие, но имеют вид растерянный; так что на них тягостно смотреть; голова постоянно качается,..» Первые годы двойнику было особенно тяжело навещать жену, мать и других родственников погибшего царя, он боялся навлечь на себя подозрения. По мнению Куковенко лжеПетр поэтому так не любил царевича Алексея и с удовлетворением избавился от него, чтобы передать власть своим собственным детям от Екатерины. В пользу своей версии Владимир Куковенко приводит много аргументов. Вот они:
-Пётр изменил свою подпись — если раньше он подписывался «Petrus», то есть использовал латинизированный вариант своего имени, то потом стал подписываться по-голландски «Piter»;
-В 1692 году Пётр вдруг стал в совершенстве владеть голландским языком. Хотя В то время в России царские дети учили либо польский язык, либо латынь. Именно на латыни составлялись все официальные бумаги. В дальнейшей своей жизни, проводя много времени за границей, Петр так и не освоил другого иностранного языка;
-настоящий Пётр Первый с детства боялся воды настолько, что когда путь ему преграждала речка, то приходилось делать большой крюк, чтобы обойти её, вместо того чтобы пройти по мостику. Впоследствии оказалось, что Пётр отлично плавал, очень любил море и корабли, особенно военные.
- Во время знаменитого путешествия Петра на Соловки в 1694 в Белом море случился шторм и корабль чуть было не потонул, уцелев благодаря мастерству рулевого. В память об этом событии Пётр соорудил деревянный крест с надписью, сделанной почему-то по-голландски «Сей крест поставил капитан Питер в лето Христово 1694».
- Судя по известным портретам Петра 1698 и 1717 он выглядит много моложе своих лет. А всем детям Алексея Михайловича было свойственно раннее физическое развитие и выглядели они как правило старше своих лет. Рост царя Петра составлял 2 метра 4 сантиметра. Такие высокие люди были большой редкостью в то время. Рост человека прекращается в возрасте около 20 лет. Если бы царь Пётр был таким высоким в юношеские годы, то этот факт был бы где-то отмечен, но об этом нигде не записано.
- В Голландии он вместо столицы Амстердама сначала отправился в маленький прибрежный поселок Саардам, где строились лишь большие шлюпки и купеческие корабли, тогда как ему нужны были военные суда. В первый день своего пребывания в Саардаме он посетил всех родственников голландских плотников, работавших в Москве и два раза дом Клааса Муша- отца Яана Муша, который умер в Москве. Пётр постоянно оказывал материальную помощь семье Клааса Муша. Ещё по пути в Голландию он отправил вдове Муша 500 гульденов (около 7 кг серебра), по тем временам огромную сумму денег. Других голландцев так щедро царь не одарил и можно допустить, что под именем русского царя Петра скрывался сын умершего Клааса Муша Яан . В Саардаме Петр проявлял уважение даже к самым незначительным должностным лицам, перед всеми ними он непременно снимал шляпу и кланялся, что характерно только простым людям.
- По причине страха разоблачения он не любил находиться в Москве и очень часто пускался во всевозможные поездки по стране и путешествия по заграницам. Возможно поэтому он решил основать новую столицу подальше от Москвы, где его ещё помнили.
- Историкам известны тысячи его собственноручных писем, записок, пометок, указов и распоряжений начиная с 1692 и по 1725 г. т. е., за тридцать три года. На основе этих бумаг можно составить полный исторический портрет Петра. Но в отношении первых двадцати лет его жизни ситуация совсем другая. За три года с 1688 по 1691 сохранилось всего четырнадцать подлинных писем Петра к матери и ученические тетради, в которых сделаны записи не более чем за пять-шесть занятий. Первые же шестнадцать лет жизни Петра по 1688 являются настоящим черным пятном, так как за этот период не сохранилось ни одного документа. Начиная с Алексея Михайловича при дворе установилось обязательное правило вести «поденные записи», в которых отмечался любой шаг царя. Среди этих документов оказались полностью потеряны именно те, которые относились к детским и юношеским годам Петра.