- Когда игроку необходимо собрать метрический зонд, можно увидеть большую надпись «NX 01». Это отсылка к сериалу Звёздный путь: Энтерпрайз.
- В самом начале второй главы, сразу после пробуждения на корабле USM Eudora, можно заметить монитор, в углу которого показано время 12:00. Это отсылка ко второй части серии, где все часы показывали одно и тоже время — 12:00. Также в это время началось вскрытие планеты Эгида-7 в оригинале.
- На передней панели Костюма N7, доступного для игроков купивших Mass Effect 3, можно заметить изображение Нолана Стросса из Dead Space 2 (лучше всего это видно в темноте). Скорее всего это недоработка игры, поскольку костюм представляет собой перекрашенную версию костюма Охраны из Dead Space 2. Тоже самое можно заметить на костюме легенды Dead Space для Карвера.
- Если приглядеться к лицу Элли Лэнгфорд, можно заметить, что её глаза разного цвета: правый — искусственный, зелёного цвета, левый — голубого (во второй части игры правый глаз Элли выколол Нолан Стросс). В игре можно найти запись, где говорится о том, что Айзек и Элли купили искусственный глаз почти сразу после отлёта со станции Титан, но денег у них было мало — и поэтому новый глаз не подошёл по цвету.
- Названия челноков космических кораблей CMS Franklin и CMS Crosier — отсылки к пропавшей Экспедиции Франклина, капитанов которой звали Джон Франклин и Фрэнсис Крозье. Из текстовых дневников, подбираемых в игре, можно выяснить, что у ученых, работавших на планете Тау Волантис, были проблемы с продовольствием, как и у членов экспедиции Франклина.
- Название корабля CMS Brusilov дано в честь российского исследователя Арктики Георгия Брусилова, предпринявшего в 1912 году экспедицию, почти все участники которой погибли.
- Название корабля CMS Greely дано в честь американского полярного исследователя Адольфа Грили, командовавшего экспедицией 1881 года. Половина участников экспедиции погибла из-за нехватки продовольствия.
- Название корабля CMS Roanoke — вероятно, отсылка к колонии Роанок, основанной в 1585 году. Поселенцы колонии исчезли по невыясненным причинам.
- Название корабля CMS Terra Nova — отсылка к экспедиции Терра Нова на Южный Полюс, 1910—1913 гг. Участники экспедиции погибли от обморожения.
- Как и во всех предыдущих частях серии в игре можно найти фигурку «Пенг». Обнаружить её можно в ходе дополнительной миссии — «Казармы Жнецов». В помещении с шипастыми поршнями нужно использовать стазис на одном из подвижных поршней в тот момент когда он выдвинется вперёд. Фигурка будет лежать в его основании, но чтобы её достать придётся воспользоваться кинезисом. В отличие от предыдущих частей фигурка не несёт никакой ценности. За её нахождение игроки получат достижение.
