Лишайники — одни из природных индикаторов чистоты воздуха. Они имеют повышенную чувствительность к химическому загрязнению. Высокая чувствительность лишайников к загрязнениям вызвана тем, что взаимодействие его компонентов легко нарушить. Из воздуха или с дождём поступают без всяких препятствий в лишайник вместе с питательными и токсичные вещества. Это происходит потому, что лишайники не имеют никаких специальных органов для извлечения влаги из субстрата, а поглощают её всем своим "телом" (талломом). Поэтому они особенно уязвимы для загрязнения воздуха. Лишайники служат также показателями наличия в воздухе токсичных тяжёлых металлов, накапливающихся в тканях, которые в итоге могут привести к гибели организма. Накапливают лишайники и радиоактивные вещества. Поэтому они могут быть использованы для контроля за радиоактивными осадками после атмосферных ядерных испытаний.
Изучение степени загрязнения воздуха с помощью лишайников называется лихеноиндикацией.
