Екатерина Вторая желала быть просвещенной монархиней. Но восстание Емельяна Пугачева невозможно было усмирить окончательно без крутых мер.
В сентябре 1774 г. после череды поражений глава восстания остался с парой сотен казаков. Двух его дочерей схватили регулярные войска, и с Пугачевым осталась только его первая жена Софья и сын. Оставшиеся с ним воины умирать за своего вожака не захотели и почти все (кроме 32 человек) составили заговор и выдали Пугачева с семьей в обмен на прощение императрицы. Он сразу же попал в руки тех, против кого развязал социальную войну — дворян. А дворяне к Пугачеву милосердия никакого проявлять не собирались. Пугачев представлялся Петром III и именем «императора» казнил представителей благородного сословия. В результате, по неполным данным, повстанцы умертвили 2846 дворян (скорее всего, на несколько сотен больше), в том числе сотни женщин и детей.
И как только Пугачев попал на допросы, на него оказали сильнейшее давление (императрица даже опасалась, что он не доживет до заслуженной казни). Но когда дело вышло на публичную стадию, Екатерина оказалась заступницей Пугачева и приказала, «при экзекуциях чтоб никакого мучительства отнюдь не было…». Государыня писала Вольтеру, что она даже могла бы и простить Пугачева, но вот законы империи не дают.
Суд в Москве (специальное судебное присутствие из дворян) приговорил Пугачева к жестокой смерти. С самой казнью Екатерина была согласна, но надо отдать ей должное — форма казни ее не устроила. Судьи решили колесовать и четвертовать самозванца.
10 января 1775 г. на Болотной площади в Москве Пугачев был казнен. Перед этим его и других осужденных на смерть священник отлучил от церкви. Казнили также 5 ближайших соратников Пугачева, еще часть подвергли кнуту, вырыванию ноздрей, клеймению, ссылке и каторге. Палачи работали на Болотной площади не один час, до самого вечера.
Кроме самого Пугачева и его близкого окружения, кара настигла множество рядовых повстанцев. Одних убили в ходе подавление восстания (так, главнокомандующий антипугачевских войск генерал Петр Панин рапортовал государыне, что только с 3 августа по 10 октября в сражениях убил 10 тыс. и пленил 9 тыс. человек), других — уже после. Тот же Панин приказал установить виселицы во всех селах, которые подозревали в помощи бунтовщикам. Только в Нижегородской губернии их установили 219 штук, и часть не просто построили, а использовали по назначению. Уже 17 марта 1775 г. Екатерина объявила об амнистии всех повстанцев и приказала предать «все прошедшее вечному забвению и глубокому молчанию». Вскоре был восстановлен и запрет смертной казни.
А вот некоторых невиновных людей, не поднимавших руки на дворян и правительственные войска, неожиданно подвергли жестокому наказанию. Речь идет о семье Пугачева: его жене Софье (которую он оставил одну с детьми еще до восстания), трех детях (сын Трофим и совсем маленькие дочери Аграфена и Христина) и второй жене, казачке Устинье Кузнецовой. Несмотря на очевидную непричастность к бунту (суд признал их невиновными), обе жены и дети были отправлены в Кексгольм (нынешний Приозерск) и заключены в крепость.
Кроме заключения семьи Пугачева в Кексгольме, Екатерина приказала брату Пугачева Дементию, не участвовавшему в восстании, сменить фамилию — он стал Сычёвым. Дом Емельяна сожгли, а родную станицу «Петра III» Зимовейскую (в нынешней Волгоградской области) перенесли на 2 км южнее и назвали Потемкинской, в честь знаменитого фаворита императрицы.