Новгород всегда имел строптивый характер. Давление Московского княжества росло пропорционально сопротивлению новгородцев, и все это вылилось в военный конфликт.
До XV века владения Новгорода росли и расширялись. Кроме того, осваивались северо-восточные территории, богатые пушным зверем и солью. На республику не могло не оказываться давление со стороны Московского княжества. К середине XV века оно настолько усилилось, что в республике сформировалась группа бояр во главе с Марфой Борецкой, которая выступала за союз с Великим княжеством Литовским.
Когда умер новгородский архиепископ Иона, в Новгород прибыл ставленник князя литовского и короля польского Казимира IV — князь Михаил Олелькович. Нужно было утверждать нового архиепископа, однако кандидата на поставление в сан новгородцы отправили не московскому митрополиту Филиппу I, а к митрополиту киевскому Григорию Болгарину. Все это вызвало возмущение не только при московском княжеском дворе, но даже и среди новгородских бояр, которые выступали за союз с Москвой.
Иван III пытался сначала разрешить конфликт дипломатическим путем и повлиять на Новгород через православную церковь. Однако вмешательство церкви только усилило раскол среди новгородских бояр и обострило политическую борьбу в республике. В Москве в итоге расценили действия новгородцев как «измену православию» и тогда Иван III решил в 1471 году организовать общерусский «крестовый поход» на Новгород.
Московское войско двинулось на Новгород через Тверь, Торжок и Вышний Волочек. Ставку разместили в Яжелбицах, а основные силы, около 10 тысяч человек, двинулись в обход Ильменского озера на город Русу. Захватив город и крепость Демян войска остановились в Коростыни, дожидаться соединения с союзными войсками. В первом же бою у Коростыни новгородцы потерпели поражение. 20 июня главные силы московского князя двинулись из столицы навстречу союзникам через Тверь, где к ним примкнули еще войска.
Московские войска ждали соединения с псковскими отрядами. Чтобы предотвратить это, основные силы новгородцев — около 40 тысяч человек — двинулись вверх по реке Шелони навстречу псковитянам.
Но московский воевода Даниил Холмский догадался об этом маневре и увел свой конный отряд из Коростыни к деревне Мусцы. Под прикрытием высокого правого берега его воины внезапно атаковали ополченцев 14 июля. Силы новгородцев почти в 10 раз превышали силы Холмского, но победу все же одержали московские и псковские воины. Узнав о победе в сражении, Иван III прибыл из ставки в Русу, где по его личному приказу были казнены шесть знатных ополченцев, возглавивших заговор против Москвы, в том числе и Борецкий.
Поражение при Шелони сделало неизбежным конец Новгородской республики и ее независимости. По окончании войны был заключен Коростынский мир между Иваном III и Великим Новгородом, а бояре присягнули на верность Москве.