Соңгы елларда суфичылыкка мөкиббән китүче кайбер кешеләр Шиһабетдин хәзрәтне суфи булган дип сөйли башладылар, янәсе, аның остазлары ишаннар булган һ.б.
Дөрес, ул Бохара һәм Сәмәрканд шәһәрләрендә ишан остазларда укыган, әмма Ш. Мәрҗани, китапханәләрдә көн-төн утырып, гыйлемне үзлегеннән китаплардан үзләштергән, Урта Азия галимнәренә аның күңеле ятмаган, чөнки анда бирелгән гыйлем, схоластикага, тәкълидкә нигезләнгәнлектән, аны канәгатьләндермәгән, шуңа күрә остазлары артыннан китмәгән, башка юл сайлаган, гамәли суфичылыктан ерак торган, хәтта ишаннарны тәнкыйтьләгән.
Галимнең замандашлары, шәкертләре әйтеп калдырганча, аның бөтенләй мөридләре булмаган, “ишан” сүзеннән көлгән, вирдләр урынына фәкать Коръән генә укыган, шулай ук үзенең "Әл-бәркыль-вәмидъ" хезмәтендә суфиларның билгеле бер вакытта билгеле бер микъдарда билгеле бер зикерләр әйтүләрен шәригать буенча дөрес булмавын язып калдырган.
Галим Урта Азия суфиларының каберләрне артык олылауларын, мәетләрдән ярдәм сорауларын нык яратмаган. Бу турыда Ш. Шәрәф түбәндәгечә язган: “Бохараның дәрес тәртипләрен һәм байтак кагыйдәләрен яратмады. Бохара халкының каберләрен артык олылауларына, мәетләрдән ярдәм-булышлык сорауларына бик эче поша иде. Бервакыт янгын булганда, шундагы халыкның "Йа Хуҗа Баһаведдин, ярдәм ит” дип кычкырып торуларын күреп: “Безнең авыл халкы болардан байтак югары. Ярдәмне Аллаһтан сорыйлар. Тәкбир һәм азан әйтәләр”, – дияргә теләгән иде.
Өстәвенә, Ш. Мәрҗани көндәлек тормышында аскет булмаган: затлы киемнәр кигән, күп ашаган, яхшы атларга утырып йөргән, зур йортта торган, шактый бай тормыш белән яшәгән. Кайбер хезмәтләрендә суфичылыкка карата уңай карашын белдерсә дә, ул фәлсәфи суфичылыкны, ягъни рухи камиллекне, аскетизмны күздә тоткан, ә аның гамәли юнәлешен сөймәгән.
Бервакыт берәү бер ишанга барып, мөрид булып, шуңа хезмәт итәргә Мәрҗанидән рөхсәт сорагач, галим: “Юк эш белән йөри күрмә”, – дигән. Икенче берәү, тарикатькә керергә теләп, галимнән камил мөршид дәрәҗәсендә булган берәр кешене күрсәтүен үтенгәч, Мәрҗани аңа: “Иң яхшы мөршид – Коръән”, – дип җавап биргән.
Дин һәм җәмәгать эшлеклесе Әхмәдһади Максуди, Ш. Мәрҗанинең суфиларга бернинди катнашы булмаганлыгын белдереп, түбәндәгечә язган:
“Мәрҗани хәзрәтләре бөтен ислам галәме тәкълид һәм тәсаувыф (суфичылык) бәлаләренә дучар булган бер заманда пәйда булып, үз өлешенә төшкән вазыйфаны форсаты ярдәм иткән микъдарда тулысынча үтәде, кимчелек кылмады. Мәрхүм әдип түгел иде, шагыйрь дә түгел иде, суфи бер шәех тә булмады, философ та булмады, ләкин фикере куәтле һәм сәламәт фикер иясе бер шәргый мөҗтәһид иде. Игътикад бабында да тырышлык күрсәтте, мәгълүм булган гыйльми хөкемнәрне дә үз иҗтиһадына муафыйк булганлыгы өчен генә кабул итте. Игътикадта әшгари түгел, матүриди дә булмады, мөгътәзили яки шигый да түгел иде, ләкин Мәрҗани иде. Мәрҗанилеге дә Коръән һәм Сөннәткә тулысынча иярүдән һәм болардан башкаларның һичберсенә дәлилсез иярмәүдән гыйбарәт иде”.
Әгәр дә Ш. Мәрҗани суфи булса, Г. Тукай аны нык мактамас, "Шиһаб хәзрәт" дигән шигырь язмас, киресенчә, тәнкыйтьләп чыккан булыр иде, чөнки бөек шагыйребез суфи-ишаннарны милләтне таркатучылар, милләт дошманнары, милләтне бетерүчеләр, милләтне кимерүчеләр, үләксә ашаучы сыртланнар, ә аларга иярүчеләрне исә куяннар, бичаралар, милләтне аздыручылар, ахмаклар, шарлатаннар дип атаган.