Давайте разберем эту ситуацию подробнее. Работа с первичными документами всегда была очень сложна, а точнее работа по получения этих документов. И если у тех, кто работает на УСН с этим было проще, так как для отчетности номера документов были не нужны, то для тех кто работает с НДС это настоящая головная боль, так как нужны номера, даты и суммы счет-фактур.
А ведь очень часто поставщик может находиться в другом регионе или документы просто не донесли до бухгалтерии. Например, это очень часто встречается в строительных организациях, поставщик привозит материалы для работ на объект, документы получает рабочий на стройке и благополучно теряет, так как ему от этих документов толку никакого нет, он же получил уже всё ему необходимое.
И бедные бухгалтера для того чтобы получить заветный вычет по НДС потом созваниваются с бухгалтерией поставщика и пытаются получить сканы первички, акты сверки и реестры выставленных счет-фактур. Чем довольно сильно рискуют, ведь живых документов они не видят и не имеют. То есть они не могут убедится в том что эти документы правильно оформлены и в случае проверки их нельзя будет предъявить.
МинФин выпустил письма от 22.04.2020 № 03-01-10/32570 и от 13.05.2020 № 03-03-07/38785 где они разрешили принимать для бухгалтерского учета сканы документов. В этих письмах чиновники указали, что так можно поступать в исключительных случаях (правда, расшифровки определения этих исключительных случаев там нет) Видимо пандемия к ним относится, раз они официально об этом заявляют.
Так что если в период пандемии ваш бухгалтер работал удаленно только со сканами первички и у Вас возникла сложность из-за отсутствия оригиналов документов можете ссылать на эти письма от МинФина.
Отдельный совет бухгалтерам, оформите приказ о том, что будите принимать к учету сканы документов, за подписью руководителя и пропишите в учетной политике этот факт, будет спокойнее.
Ну и конечно при первой возможности получите документы от поставщика или в бумажном виде или в электронном с ЭЦП.