Если командировка была отменена в связи с мерами противодействия распространению коронавирусной инфекции, то суммы, удержанные перевозчиком, стоимость визы и страховки можно учесть во внереализационных расходах как убытки, понесенные вами из-за пандемии (пп.6 п.2 ст.265 НК РФ).
А вот если командировка отменена по вине работника, то удержанные при возврате билета суммы учесть в расходах нельзя (Письмо ФНС от 29.01.2020).
Если ваш сотрудник не смог вернуться из командировки в установленный срок из-за ситуации с распространением коронавируса, то есть по независящим от него причинам, то такому работнику нужно оплатить средний заработок за все рабочие дни, приходящиеся на дни задержки, а также расходы на наем жилого помещения, суточные (дополнительные расходы, связанные с проживанием вне места постоянного жительства), иные расходы, произведенные работником с разрешения или ведома работодателя.
В таком случае необходимо издать приказ о продлении срока командировки на основании заявления или служебной записки работника. В нем укажите причину продления командировки, новую дату ее окончания, распоряжение оплатить работнику дополнительные расходы, возникшие из-за продления командировки.