Собор Спаса Преображения на Бору стал третьим каменный храмом, возведенным Иваном Калитой в Кремле. Собор был построен в 1329-1330 годах возле великокняжеского двора на месте одноименной деревянной церкви. Одновременно с собором Иван Калита заложил здесь и Спасский монастырь, ставший местом княжеских захоронений. В 1331 году здесь была погребена жена Ивана Калиты. В 1350 году к храму с запада был пристроен придел, судя по найденным здесь в 1836 году захоронениям предназначавшийся для усыпальницы. В 1490 году при Иване III во время перестройки Кремля монастырь был перенесен на другое место, где был основан Новоспасский монастырь. Древний собор, покинутый монахами, приобрел статус дворцового. Впоследствии он неоднократно перестраивался: в 1527 году Василием III, в 1554 году при Иване Грозном после пожара. Постепенно его объем обрастал пристройками с придельными церквями. К 1635 году у него числилось одиннадцать приделов. После постройки теремных церквей Спас на Бору стал использоваться в качестве храма для дворцовой прислуги. В 1767 году сильно обветшавший храм, был разобран, и заменен новым, выполненным из большемерного кирпича. Строительство нового храма, повторившего в общих чертах постройку Ивана Калиты, велось под наблюдением архитектора Матвея Казакова. В период строительства Большого Кремлевского дворца в 1830-1850-х годах собор был отреставрирован по проекту архитектора Ф.Ф. Рихтера, который убрал поздние пристройки, восстановив первоначальное завершение и древнюю форму оконных проемов. 1 мая 1933 года в связи с пристройкой к северному фасаду Большого Кремлевского дворца нового корпуса с обслуживающими помещениями собор Спаса на Бору был уничтожен.
Церковь Рождества Иоанна Предтечи на Бору по преданию являлась самым первым храмом Кремля. Как указывают летописи, при митрополите Петре деревянная церковь Рождества Иоанна Предтечи стала соборной и стояла на митрополичьем дворе, располагавшемся тогда на вершине кремлевского холма недалеко от Боровицкой башни. В 1461 году при Василии II Темном на месте деревянной была возведена одноименная каменная церковь на подклете. После большого пожара 1493 года церковь обрушилась, и при Василии III в 1505-1508 годах была перестроена в кирпиче итальянским мастером Алевизом Новым. Около 1583 года придел церкви был переосвящен в честь мученика Уара. Под этим названием (по ряду источников) впоследствии упоминается и вся церковь. Храм серьезно пострадал при пожаре 1737 года, после чего был восстановлен архитектором Иваном Мичуриным. Сохранившиеся изображения церкви свидетельствуют и о многочисленных других перестройках, последняя из которых производилась после пожара 1812 года. Церковь была снесена в 1847 году по личному повелению императора Николая I в связи с ветхостью, а также в связи с тем, что старинное здание не гармонировало с панорамой только что отстроенного Большого Кремлевского дворца. Перед разборкой церкви придел святого Уара был перенесен в северный придел у восточной стены Архангельского собора, а сам храм Рождества Иоанна Предтечи перенесли в Боровицкую башню, где он просуществовал до революции.
Через восемь лет после основания Чудова монастыря, в 1365 году на месте прежней деревянной митро-полит Алексей заложил каменную церковь во имя святого архангела Михаила. Собор был построен, и освещен в одно лето, что говорит о малых его размерах. С южной стороны был пристроен придел Благовещения, где князь Дмитрий повелел похоронить митрополита, умершего в 1378 году. Храм был с одноглавый без подклета, стоящий прямо на земле. В 1431 году свод храма обвалился. Церковь разобрали до основания и полностью перестроили. Вновь построенный собор был выше первоначального, так как стоял на двухъярусном подклете. В 1501 году великий князь Иван III велел разобрать обветшавшую церковь и поставить там новую. Постройка была завершена в 1504 году. Есть мнение, что архитектором храма был итальянец Алевиз Новый, сохранивший нижнюю часть храма 1431 года, поставив созданный кирпичный объем на двухъярусный белокаменный подклет. Новый собор имел размеры в плане 13,7х18 м. К квадратному четверику с востока примыкали три апсиды. Световой барабан единственной центральной главы опирался на подпружные арки, перекинутые между четырьмя квадратными пилонами. Собор имел три входа, украшенных белокаменными порталами, к которым вели высокие лестницы с крыльцами. Нижний подклет был темный, а верхний освещался через малые окна. Позднее были надстроены четыре угловые главы без окон, а к западу от собора построена колокольня. В 1893-1894 годах была проведена реставрация собора, при которой восстановили одноглавие храма. В 1929 году собор Чуда Архангела Михаила наряду с остальными монастырскими зданиями был разобран.
Вознесенский собор был заложен основательницей монастыря великой княгиней Евдокией, вдовой Дмитрия Донского в 1407 году. Через полмесяца после начала строительства княгиня, в иночестве Евфросиния, умерла. К 1415 году, когда пожар частично уничтожил монастырь и нанес ущерб строящемуся храму, который был подведен только под барабан. Лишь в 1467 году вдова великого князя Василия Темного возобновила обветшавший собор. Каменных дел мастер Василий Ермолин, сохранив старую постройку, переложил лишь полуразрушенные своды, и обложил новым кирпичом и камнем обгоревшие стены. В том же году собор был освящен. В 1518 году ветхий собор был разобран. Строителем нового был итальянский архитектор Алевиз Новый. Постройка была завершена в 1521 году. В 1588 году при царе Федоре Иоанновиче Вознесенский собор строится вновь как архитектурная копия Архангельского собора. Четырехстолпный трехапсидный храм завершался пятью световыми главами. Здание было поставлено на развитый профилированный цоколь. Вероятно в начале ХVII века при соборе появились приделы, в том числе Михаила Малеина, существовавший до постройки в 1618 году одноименной отдельно стоящей деревянной церкви. В 1730-х годах в северной паперти осветили придел Успения Богородицы, а с юга пристроили придел Всех Скорбящих Радости. В 1814 году после ухода французской армии храм был заново освящен. В 1880-е годы собор был отреставрирован с сохранением более поздней двухэтажной пристройки с северной стороны храма. В 1929 году Воскресенский собор вместе со всеми постройками монастыря был снесен путем подрыва.
