Эпидемия чумы в Москве разразилась в августе 1654 г. Но слухи о её «приближении», очевидно, дошли до московского правительства раньше, ибо уже в июле по распоряжению патриарха Никона царица с семейством выехала из Москвы, вслед за ними покинул город и сам патриарх. Царь же по случаю войны с Польшей находился в это время в Смоленске. Чуму начала столетия уже успели забыть. Жившие в это время в Москве иностранцы (Олеарий, Павел Алеппский, Герберштейн) свидетельствовали, будто «московиты» особенно растерялись перед лицом этой эпидемии, потому что «не знали моровой язвы издавна».
Какое количество жертв унесла эта эпидемия в Москве, точно установить не удается. Принимая во внимание, что во второй половине XVIII века в Москве жило 500-600 тыс. человек (оценка иностранцев-путешественников Рентенфелье, Мейерберга и др.), К.Г. Васильев и А.Е. Сегал подсчитали, что при максимальной заболеваемости 80% и таком же проценте смертности, от чумы в тот год должно было погибнуть около 300-350 тыс. человек. Однако, по их же оценкам, эта цифра намного меньше, так как многие жители убежали из города.
Несомненно то, что эпидемия чумы 1654—1657 гг. была главной эпидемией XVII столетия на Руси. На её примере видно, как резко изменились взгляды власти на причины эпидемий. Их уже не рассматривали фаталистически, как нечто неминуемое, ниспосланное Богом, от чего нельзя спастись. Правительство действует решительно и в масштабах всего государства. Предпринимает предохранительные меры: выявляет и изолирует больных; погребает умерших без отпевания в своих дворах; устанавливает заставы; осуществляет карантины приезжих из «заморенных мест»; обезвреживает утварь и одежду больных. Со времен царя Алексея Михайловича в России стали бдительно следить за эпидемической ситуацией в соседних государствах и принимать меры против заноса «моровых поветрий» на собственную территорию.
Так, в 1658 г. власти пошли на жестокие изоляционные меры в связи с чумой в Лифляндии. Еще более строгие и обширные профилактические мероприятия предприняты русским правительством в 1665 г., когда было получено известие о чуме в Лондоне. Страх перед этой чумой у Алексея Михайловича усилил придворный доктор, а по совместительству еще и астролог — Энгельгард. В 1664 г. после прохождения кометы, он составил астрологический прогноз на следующий год, где, по его мнению, из-за особого положения Сатурна, по отношению к Марсу, возможно появление осенью чумы. Когда чума действительно разразилась в Лондоне, царь ужаснулся и предписал такие строгие противоэпидемические меры, которые никогда раньше на Руси не предпринимались.
Алексей Михайлович собственноручно написал письмо английскому королю Карлу II, в котором объявил ему, что пока в Англии чума не прекратится, в Архангельск будет запрещено пускать англичан как с товарами, так и без них. Всякие отношения с иностранными государствами царь приказал немедленно прекратить. Даже иностранцы, прибывающие через шведскую границу в Псков и Новгород, подвергались строгому допросу и без особого разрешения самого царя не смели проезжать далее.
Источник: Супотницкий М.В., Супотницкая Н.С., "Очерки истории чумы: Книга 1: Чума добактериологического периода", очерк VII.