Эта церковь была построена в 1780-81 гг. на правом берегу реки Вага рядом с Шенкурском. Спустя 80 лет она была перенесена на левый берег реки, где и стоит сейчас в полуразрушенном виде.
28 июня 1872 года освящен престол во имя Крестителя Господня Иоанна Предтечи.
23 июня 1873 года освящен придельный престол во имя святителя Николая Чудотворца. В 1879 году в восьмерике храма устроен придел во имя святых апостолов Петра и Павла
