В календарях-справочниках XX века история «Зенита» велась от 1931 или 1930 года — по первому достижению команды ЛМЗ в чемпионате Ленинграда, либо от 1938 года — первого появления клуба в группе «А» чемпионата СССР. В конце 1990-х авторитетный петербургский коллекционер футбольных материалов, историк спорта Владимир Фалин высказал мнение, что команда ведёт своё начало от команды завода «Большевик», которая выступала в чемпионате СССР 1938 года под названием «Зенит». Эта команда по утверждению Фалина была преемницей команды «Мурзинка», основанной в 1914 году и участвовала в дореволюционных чемпионатах города. Такой же версии придерживались в справочниках РФС и книге «Российский футбол за 100 лет» 1998 года[5]. Мнения известных зенитовцев разделились: Юрий Морозов и Владимир Казачёнок считали, что историю клуба надо вести от команды ЛМЗ, а Николай Люкшинов и Фридрих Марютин — от команды «Большевик»[6].
В июне 1999 президент «Зенита» Виталий Мутко издал приказ «Об исторической дате рождения клуба „Зенит“». В созданную комиссию вошли ветераны ленинградского футбола, представители клуба и известные историки российского спорта Юрий Лукосяк и Фалин, причём последний к тому времени уже отказался от версии преемственности «Большевика» от «Мурзинки». На первом заседании комиссии Лукосяк предложил на обсуждение пять вариантов основания клуба: 1914, 1931, 1936, 1938 и 1939 годы[7]. Фалин предложил вести историю «Зенита» с 1925 года — со времени документально подтверждённого появления первых футбольных команд на Металлическом заводе имени Сталина, однако уже на втором заседании было принято решение считать годом основания «Зенита» 1936 с аргументацией, что в этом году были организованы ДСО и проведены первые клубные чемпионаты СССР[5].
31 мая 2000 комиссия всё-таки решила считать датой основания «Зенита» май 1925 года[8], с чем не согласился Лукосяк, утверждавший, что первые футбольные коллективы на заводе были созданы только в 1927—1928 годах и настаивавший, что отсчёт нужно вести с 1936 года — времени создания ДСО «Зенит» и «Сталинец»[7].
В интервью 2018 и 2020 годов Лукосяк склонялся к версии основания «Зенита» в 1931 году, когда команда ЛМЗ заявилась в чемпионат Ленинграда. В майском материале журнала «Спартак» 1925 года (на котором основана нынешняя версия о времени основания клуба) говорилось лишь о планировании организации цеховых команд на заводе, в августовском же номере было сказано, что планируемое не осуществилось. Инструкторов спорта не было на ЛМЗ до конца 1920-х. По словам Лукосяка дата была выбрана поспешно из-за подготовки справочников к старту «Зенита» в Кубке УЕФА 1999/2000[9][10].
Кроме того, 6 августа 1990 года на базе штатной команды мастеров «Зенит», учредителем которого был профком ЛОМО, решением Исполкома Ленсовета был учреждён ленинградский городской клуб «Зенит». Учредителями нового клуба явились Исполком Ленсовета, Ленинградская ассоциация государственных предприятий, Леноблсовпроф, Ленгорспорткомитет и городская федерация футбола. Высшим органом управления являлся административный совет, состоявший из представителей организаций-учредителей. Президентом клуба стал спортивный обозреватель Ленинградского телевидения Владислав Гусев. Старый клуб самоликвидировался[11].
В нынешней форме клуб существует с 1993 года, когда было зарегистрировано закрытое акционерное общество «ФК „Зенит“». Президентом стал вице-мэр Санкт-Петербурга Виталий Мутко[12][13].
1925—1935. Первые годы
Официальной датой рождения клуба «Зенит» считается 25 мая 1925 года. Весной этого года, как сказано на официальном сайте клуба, были организованы футбольные команды физкультурного кружка Ленинградского металлического завода (ЛМЗ), с 1929 года ставшего носить имя Сталина. В первые годы эти команды выступали преимущественно на уровне внутризаводских соревнований, иногда проводя товарищеские матчи с коллективами соседних предприятий. Осенью 1929-го на завод пришёл новый молодой директор Иван Николаевич Пенкин, и в 1931 году команда дебютировала в чемпионате города. В осеннем первенстве «Металлический завод» занял третье место. В 1932 году команда Металлического завода в полуфинале I Всесоюзной спартакиады профсоюзов уступила землякам из «Красной зари» 0:5.
В 1934 году прошла масштабная реорганизация футбола на ЛМЗ. Заводу был передан в распоряжение недавно построенный в соседнем Полюстровском парке стадион имени Красного спортивного интернационала (КСИ). В том же году с соседнего завода «Красный выборжец» в ЛМЗ перешёл Борис Ивин. Вокруг этого высококлассного игрока началось строительство новой команды. В составе появились нападающие Виктор Смагин и Александр Гнездов, защитники Николай Салостин и Пётр Белов, полузащитники Алексей Иванов и Николай Родионов. В 1935 году в команде появился первый главный тренер — Павел Бутусов. Летом клуб стал финалистом Всесоюзного первенства ВЦСПС, уступив в решающем матче команде Московского электрозавода с Валентином Гранаткиным в воротах 0:1, пропустив гол на последней минуте.
В команде ЛМЗ в то время выделялись вратари Александр Шлейфер, игрок сборной СССР Георгий Шорец, защитник Сергей Медведев, нападающий Павел Донин, инсайды Владимир Лаврентьев и Иван Шебалов, нападающий Алексей Ларионов, Борис Ивин[14].
1936—1941. Дебют в чемпионате
Перед стартом первого чемпионата СССР 1936 года игроки команды выразили недоверие Павлу Бутусову, и его место занял Пётр Филиппов, который как игрок и как тренер в 1920—1930-х годах считался в СССР одним из лучших знатоков тактики футбола. Команда поначалу именовалась либо «Команда ЛМЗ им. Сталина», либо «Металлический завод». Только в конце мая, после передачи физкультурников ЛМЗ под эгиду ДСО «Сталинец», команда получила это имя. Цвета формы стали бело-голубые, по цветам эмблемы ДСО.
В первенстве страны «Сталинец» стартовал в группе «Б». Первый матч был сыгран 27 мая в Днепропетровске против «Динамо». Встреча завершилась со счётом 1:1, гол у «Сталинца» забил Алексей Ларионов. Потеряв перед самым началом первенства из-за болезни Георгия Шореца, клуб тем не менее потерпел только одно поражение от тбилисского «Динамо». В весеннем первенстве «Сталинец» занял третье место, а в осеннем — шестое.
В Кубке СССР команда дебютировала 26 июля на стадии 1/32 финала, разгромив в гостевом матче вторую команду московского «Локомотива» 7:1[15].
В 1937 году, завершив первый круг лидерами группы «Б», «Сталинец» претендовал на выход в группу «А». Однако состоявшийся в сентябре матч с «Торпедо» Москва, завершившийся победой «Сталинца» 3:1, был торпедовцами опротестован, а переигровка по окончании сезона завершилась вничью 2:2. В итоге «Сталинец» занял четвёртое место, отстав от победителя ленинградского «Спартака» на одно очко. В конце года домашний стадион КСИ был застроен корпусами расширявшегося ЛМЗ — команда лишилась также и тренировочной базы. Вплоть до Великой Отечественной войны клуб выступал на построенном в 1925 году на Петровском острове стадионе имени В. И. Ленина.
В 1938 году в группу «А», расширенную до 26 команд, был переведён и «Сталинец». В начале сезона в команде произошёл конфликт с главным тренером Петром Филипповым, который подал в отставку, и исполняющим обязанности тренера был назначен Борис Ивин. Первый матч на высшем уровне ленинградцы провели 12 мая в Сталино против «Стахановца», где, проигрывая 0:2, сравняли счёт благодаря дублю Сорокина — 2:2. Второй матч — с ростовским «Динамо» — также завершился со счётом 2:2, а затем последовали три поражения с общим счётом 1-12[16], и главным тренером стал Константин Егоров. По итогам сезона «Сталинец» занял 14 место и по регламенту должен был вернуться в группу «Б», однако в мае 1939 Всесоюзный комитет по делам физкультуры и спорта уже после начала чемпионата вернул команду в группу «А». В чемпионате клуб занял 11 место при 14 участниках.
Кубок СССР 1939 года стартовал для «Сталинца» 31 июля марафонским матчем с «Трактором» Сталинград — победный мяч при счёте 2:2 был забит на 134 минуте[17]. В итоге клуб дошёл до финала, где 12 сентября на московском стадионе «Динамо» уступил местному «Спартаку» со счётом 1:3.
В феврале 1939 года в результате массовой реорганизации управления промышленностью Ленинградский металлический завод был передан в ведение Наркомата вооружений, при котором находилось ДСО «Зенит». Зимой 1939/40 происходил перевод физкультурников ЛМЗ из ДСО «Сталинец», объединявшем членов профсоюза рабочих электромашиностроительной промышленности, в ДСО «Зенит». Таким образом команда ЛМЗ «Сталинец» стала называться «Зенит».
На старте сезона-1940 «Зенит» набрал всего одно очко в пяти матчах[18], и на пост главного тренера вместо Егорова вернулся Филиппов. Но и под его руководством в первых десяти матчах команда пять раз сыграла вничью и пять раз проиграла. Две победы, одержанные Егоровым и Филипповым над «Локомотивом» Тбилиси — 2:1 и 3:2 соответственно, были аннулированы из-за исключения «Локомотива» из чемпионата за низкие результаты. В итоге «Зенит» занял 10 место при 13 участниках.
20 августа в гостевом матче против «Локомотива» Москва (6:1) и 15 сентября в домашнем матче против «Крыльев Советов» Москва (5:2) нападающий «Зенита» Евгений Одинцов оформил первые два хет-трика команды в чемпионате страны. Три предыдущих хет-трика — два в 1936 (Александр Гнездов и Виктор Смагин в матче с «Динамо» Харьков) и один в 1939 (Смагин в матче с «Трактором» Сталинград) были сотворены в аннулированных матчах[19].
Невысокие результаты команды в тридцатых годах в целом можно объяснить нехваткой классных игроков и утратой стадиона КСИ.
По окончании чемпионата-1940 в целях усиления позиций профсоюзного футбола были созданы сборные команды. Накануне чемпионата 1941 года были расформированы выступавшие в низших группах ленинградские «Красная заря» и «Авангард». Их лучшие игроки усилили состав «Зенита», ставший «профсоюзной сборной» Ленинграда. В команду пришли Борис Левин-Коган, Борис Чучелов, Алексей Яблочкин, Виктор Бодров, Николай Копус. Главным тренером стал Константин Лемешев. В восьми матчах команда, лидером которой стал Пётр «Пека» Дементьев, одержала только две победы, при этом впервые выиграв у московского «Спартака». Но 22 июня чемпионат был прерван из-за начавшейся Великой Отечественной войны[20].