Великая Отечественная война застала Лопатина в должности начальника 13-й заставы 90-го Владимир-Волынского погранотряда.
На рассвете 22 июня 1941 года после сильнейшей артиллерийской подготовки ее атаковали фашисты. Пулеметным и ружейным огнем, штыком и прикладом пограничники отбили натиск врага, многократно превосходившего их в живой силе и технике. На подступах к заставе остались десятки трупов фашистских солдат и офицеров.
На второй день немцы, подтянув артиллерию, открыли огонь прямой наводкой. Двухэтажное кирпичное здание заставы рухнуло, повреждены все блиндажи и дзоты, земля вокруг была буквально перепахана. Пограничники перешли в железобетонный полуподвал, проделали бойницы и снова открыли интенсивный огонь. Противнику не удавалось продвинуться ни на одну пядь.
С утра 27 июня фашисты подвергли развалины, в которых засели наши бойцы, варварскому обстрелу термитными снарядами, рассчитывая, что удушливый дым и сплошные взрывы заставят последних защитников заставы сдаться...
Но еще целую неделю над руинами 13-й развевался красный флаг, а пытавшихся приблизиться фашистов разили меткие пули...
Герои погибли, но не отступили ни на шаг.
Руководили героической обороной этого участка границы коммунисты лейтенант Алексей Лопатин и политрук Павел Гласов.
Лейтенанту А. В. Лопатину посмертно присвоено звание Героя Советского Союза. Его славное имя увековечено в названии заставы, на которой он сражался и пал смертью героя. Легендарный подвиг 13-й заставы запечатлен в книге Вл. Беляева «Граница в огне», в стихах и песнях.