До того, как был построен Санкт-Петербург и Россия захватила Прибалтику, единственным крупным морским портом, связывавшим Московское царство с западным миром был Архангельск. На пути от центра страны к торговым «воротам» с Западом стоит Вологда. В то время это был богатейший город, крупнейший перевалочный пункт, где кончался сухопутный путь из Москвы через Переславль-Залесский и Ярославль и начинался водный путь в Архангельск по рекам Вологде, Сухоне и Северной Двине.
В городе существовала «немецкая слобода», где жили иноземцы, главным образом, англичане и голландцы. В Вологде несколько раз останавливался Петр I по пути в Архангельск. Известно. что царь посещал Вологду в 1693, 1694, 1702 и 1724 годах, останавливаясь в доме, принадлежавшим Гутманам — наследникам купца Иоганна (Ивана) Гутмана, приехавшего в Россию в 1653 году вместе с братом Адольфом.
Братья сколотили настолько крупное состояние, что периодически одалживали деньги и оказывали прочие услуги молодому Петру. В конце XVII века Адольф Гутман вернулся в Амстердам, а Иоганн Гутман обосновался в Вологде. Здесь он взял в аренду на 50 лет земельный участок, на котором поставил каменный дом с погребом, светлицы, пивоварню, сараи и лавку.
Переписная книга города Вологды того времени следующими словами описывает наружность и положение дома: «Двор Голландской земли торгового иноземца Ивана Алферьева сына Гоутман в длину 64, поперёк по лицу 70 саж. с аршином; на дворе палата каменная о трёх жильях, под нею погреб; среди двора четыре светлицы в одной связи, низменные, у них двои сени, под сеньми погреб; по правую сторону от ворот три светлицы, у них двои сени низменные-ж, по левую сторону у ворот изба с сеньми; среди двора погреб каменный кладовой. На том-же дворе позади хором, шесть амбаров кладовых, пивоварня; на левой стороне восемь стойл конских с сенницами-ж; два сарая на передней улице, подле переулка лавка; подле двора Ивана Гоутман переулок проезжий к реке Вологде».
Дом вписывается в типовой проект, разработанный архитектором Доменико Трезини для «подлых сословий», то есть людей не дворянского происхождения и среднего достатка. Это достаточно странно, поскольку на одной из стен вмурована доска с изображением герба, на котором представлена рука, держащая секиру, на верху литеры Н. R. S., что означает «Голландские Республиканские Штаты», а внизу под гербом на ленте год 1704. Считается, что если и не сам Иоганн Гутман, то кто-то из его близких был голландским консулом, представляющим интересы Голландии в России. Вряд ли его семейство можно отнести к «подлому сословию».
После смерти Иоганна дом перешел во владение его сыну Андрею Ивановичу, а потом к вдове Андрея — Екатерине Гутман. Наследники Иоганна процветали ровно до того момента пока не был построен Петербург и друг семьи царь Петр не издал указ, запрещающий торговать с Западом через Архангельск. Вологда потеряла свое значение и захирела, к 1730 году контора Гутманов была ликвидирована, но дом, где останавливался Петр сохранился.
В середине XVIII века в этом здании располагалась воеводская канцелярия, затем дом перешел к мещанину З.Самодурову. В XIX веке его владельцем становится богатый вологодский купец Е.А.Витушечников, который использовал помещение под склад льна и кудели.
В 1872 году отмечалось 200 летие со дня рождения Петра Великого, городские власти приняли решение о выкупе дома у купца Витушечникова и превращении его в музей. На выкуп здания было потрачено 4000 рублей, были собраны предметы Петровской эпохи, вокруг дома обустроен сквер и в 1885 году музей открылся.
Он просуществовал до 1924 года, когда музей закрыли, а в помещении разместились картофелетёрочный завод, затем — сапожная мастерская и радиостанция, в 1938 году — Сухонское пароходство, а в годы Великой Отечественной войны — научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии. В 1944 году дом Петра I снова стал филиалом Вологодского областного краеведческого музея.