Луковая муха — опасный вредитель, повреждает все луки и чеснок. Ее первый лёт совпадает с цветением вишни — это сигнал к началу борьбы. Второй лёт в июле — августе. Яйца белые, продолговатые, длиной 1—1,2 мм, откладывают их мухи группами на нижнюю часть луковицы и под комочки земли вблизи растений. Отродившиеся (через 8—10 дней) из яиц личинки (белые мелкие червячки) проникают в луковицы через донце или у основания листьев, отчего листья сначала привядают, а затем желтеют и засылают. Особенно сильно повреждается личинками лук, посеянный семенами в поздние сроки. Личинки, повреждая растения, находятся и развиваются в них 15—29 дней, затем уходят в землю, где и окукливаются. Через 2—3 недели (в конце июля — начале августа) вылетают мухи второго поколения и вновь откладывают яйца.
Чтобы предохранить растения от личинок мухи, сеять чернушку, сажать севок, выборок и репку нужно в ранние сроки, а также применять отпугивающие муху средства. Для этого вдоль рядков лука и чеснока посыпают табачной пылью, пиретрумом, золой, торфом. Золу и торф предварительно пропитывают креолином (1 часть креолина на 20 частей золы или торфа), можно использовать и нафталин, смешав его с таким же количеством песка.
Уместно напомнить и о полезном соседстве посевов моркови и лука. Специфический запах моркови отпугивает луковую муху, а запах лука— морковную.
Чеснок очень часто повреждается клещом, который проникает в донце луковицы, отчего оно становится трухлявым, отваливается, а зубки рассыпаются. Перед закладкой на хранение чеснок прогревают 5—6 суток при 35—37 °С. Клещ простым глазом не виден, но хорошо различим в лупу. Перед посадкой луковицы просматривают и зараженные клещом бракуют.
Ржавчина проявляется на листьях чеснока в виде мелких рыжеватых пятен, а черная плесень — в виде желтых пятен с чернеющим плесневидным налетом. Оба заболевания вызывают преждевременное засыхание и отмирание листьев. Для предупреждения болезней необходимо соблюдать чередование культур, а зубки чеснока перед посадкой обеззаразить в растворе формалина (40 куб. см 40%-ного формалина на 10 л воды). В растворе зубки выдерживают 10 минут, а затем 2 часа томят (укрывают мешковинами), после чего проветривают.
Ложная мучнистая роса (пероноспороз) особенно часто поражает лук. Заносится на участок с больным посадочным материалом. Грибница зимует в луковицах. Внешне в период хранения не проявляется. Поражает растения после высадки примерно через 2—3 недели. Заболевшие растения выглядят угнетенными, листья сначала бледнеют, затем на них появляется серовато-фиолетовый налет (грибница и споры). Пораженные растения засыхают и отмирают. Болезнь быстро передается от растения к растению, особенно в дождливую погоду. Больные растения надо немедленно удалить с поля и сжечь.
Чтобы предохранить растения лука .от заболевания ложной мучнистой росой, а в период хранения луковицы уберечь от шейковой гнили и других грибных болезней, перед закладкой на хранение лук-репку просушивают 1—2 недели при 25—35 °С, а затем подвергают профилактическому прогреванию 8—12 часов при 40—42 °С. Продолжительность прогревания зависит от размера луковиц (крупные дольше). Как прогревать лук-севок и лук-репку от шейковой гнили.
Для профилактики от ложной мучнистой росы примерно через 2 недели после посадки растения опрыскивают хлорокисью меди (90%-ный с. п.). В 10 л воды растворяют 40 г препарата, расходуя 1 л раствора на 10 кв. м посадок. Повторяют опрыскивание через неделю, третье (последнее) опрыскивание проводят не позднее чем за 20 дней до уборки. Эффективен и поликарбацин (80%-ный с.п.). Его также растворяют 40 г в 10 л воды, но за сезон опрыскивают не более двух раз, последнее — за 20 дней до уборки урожая. Большое значение в борьбе с ложной мучнистой росой имеет правильное чередование культур. Для лука надо подбирать солнечные, хорошо продуваемые делянки. Головня — грибное заболевание, поражающее только всходы лука (из еемян). Проявляется на листьях и чешуйках луковичек в виде продольных черных полос, просвечивающих через кожицу листьев и чешую. При созревании спор кожица лопается, и они высыпаются, заражая почву. Растения от головни погибают. Споры долго сохраняются в почве и являются разносчиками болезни. Прорастают они при температуре выше 15 °С, поэтому ранние сроки посева позволяют уберечь всходы от болезни. Участок, где появилась головня, нельзя занимать луком 4—5 лет. По возвращении лука на эту площадь ее нужно обработать 40 %-ным формалином (80 куб. см на 10 л воды), выливая 1 л раствора на 10 м бороздки перед посевом семян.