Ботанический музей хранит коллекции П.Н.Крылова (3500), Ю.К.Шелля (2500), А.Я.Гордягина (1500), К.С.Мережковского, Э.А.Эверсманна и других известных ботаников XIX-XX веков. В музее находится крупнейший региональный гербарий высших растений, который является базовым при создании Красной книги РТ.
Начало 19-ого века знаменуется началом основания ботанического музея Казанского университета, основу которого составляет гербарий, собранный со всех уголков земного шара. В 20-м веке после реорганизации университетских музеев в 1991 году часть коллекций была выделена из состава кафедры ботаники и включена на правах ботанического отдела в состав зоологического музея, а с 1997 года составляет фонды Ботанического музея на базе кафедры ботаники, а ныне института фундаментальной медицины и биологии Казанского университета.
Невозможно переоценить значимость гербариев как исторических, архивных материалов, собраний систематических стандартов, незаменимых в работе по генетике, систематике, флористике, экологии. В связи с этим значение коллекции Ботанического музея выходит далеко за рамки всего Университета. Музей представляет большую ценность для всего ботанического сообщества России, поэтому ученые всей страны не раз останавливались в стенах музея, чтобы исследовать тот или иной материал коллекции.
Стоит сказать, что со временем ценность образцов растет, так как коллекции невосполнимы вследствие утраты местонахождения, а образец подписан неразборчивым почерком где-то в полевых условиях, либо же происходят изменения экологии или ряд других причин.
Поэтому в музее проводится инвентаризация, пополнение коллекций. Также в музее неоднократно проводятся экскурсии для студентов и школьников Казани. Но в настоящий момент экспозиция в музее отсутствует, и всю информацию о коллекции можно лишь услышать от работников музея.