Слово организация в русском языке встречается с начала XIX века. Оно пришло из европейских языков, где встречаются аналогичные названия: английское organization, немецкое Organisation, французское organisation, испанское organización, итальянское organizzazione, португальское organização, польское organizacja, чешское organizace и др.
Все эти слова происходят из позднелатинского organizō «организовывать», от латинского organum «инструмент, орудие; орган». Отсюда же происходят слова о́рган и орга́н, по-видимому, попавшие в русский в разное время и из различных источников. Латинское слово восходит к древнегреческому ὄργανον (órganon) «инструмент, орудие; орган», далее от ἔργον (érgon) «действие; дело». С последним связано слово ἐνέργεια (enérgeia) «действие; активность; сила, энергия», откуда английское energy, русское энергия и др.
Древнегреческое слово ἔργον (érgon) далее восходит к праиндоевропейскому корню *werǵ- «делать; работать», из которого происходят также английское work «работа; работать», немецкое Werk «труд», wirken «действовать», армянское գործ (gorc) «работа», персидское ورزیدن (varzidan) «заниматься» и др.
