Ученые установили, что не все мутации, свойственные раковым клеткам, являются драйверными — приводящими к образованию опухоли.
Когда опухоль развивается, в каждой ее клетке происходят десятки тысяч мутаций. Методы идентификации генов-драйверов, то есть генов, запускающих процесс трансформации нормальной клетки в раковую, основаны на сравнении набора мутаций в опухолях у разных пациентов. Тот факт, что одно и тоже место ДНК мутирует неоднократно у многих пациентов, служит доказательством, того, что эта мутация является драйверной, то есть именно она инициирует развитие опухоли.
Семейство белков APOBEC в норме участвуют в противовирусной защите, их субстратом является одноцепочечная ДНК. В тоже время они же являются и одним из наиболее распространенных источников внутриклеточного повреждения ДНК в раковых клетках. Команда ученых из США, изучая мутационный «профиль» в раковых клетках разных пациентов, обнаружила, что мутации, ассоциированные с активностью белков семейства APOBEC и ранее обозначенные как драйверные, на самом деле являются мутациями-«пассажирами», которые не дают никакого преимущества для роста раковых клеток и просто переходят из поколения в поколение.
Обобщив данные нескольких проектов, включая The Cancer Genome Atlas (Атлас Ракового Генома), ученые показали, что, большинство APOBEC-ассоциированных мутаций возникают из-за определенного предпочтения белка APOBEC3A к структуре ДНК в виде «шпильки», при этом значительная часть этих мутаций являются мутациями- «пассажирами». По-настоящему «вредные» драйверный мутации возникают не в «шпильках». В ходе работы ученым удалось выявить ряд новых драйверных генов TBC1D12, RXRA, AHR, CUL1, KLF5, RHOB, вклад которых в раковую трансформацию еще предстоит изучить.
Авторы настоятельно рекомендуют учитывать полученные ими данные при интерпретации результатов высокопроизводительного секвенирования и при разработке лекарственных препаратов для таргетной терапии.