Содержание курса религиозного образования является конфессиональным или религиозным, поэтому целью данного курса является воспитание у студентов религиозных чувств к определенной религии, или ознакомление их с религией, к которой они принадлежат, путем развития положительных чувств к ней.
Основная ответственность за организацию религиозного образования в государственных школах лежит на религиозных общинах, а также на государстве и его учреждениях. Помимо религиозного образования, существует также непрофессиональный курс «Религиозная культура», в рамках которого изучаются верования, ценности и обычаи различных мировых религий. В Сербской Республике, она была введена в качестве экспериментального субъекта, в то время как Федерация Боснии и Герцеговины применяет ее только в некоторых школах. Этот курс не является конфессиональным, и его цель заключается в ознакомлении учащихся с учением и практикой всех религий, проживающих в Боснии и Герцеговине. Этот вопрос обсуждался с 2000 г. на Конференции министров образования Боснии и Герцеговины, а с 2004 г. осуществляется в форме пилотного проекта. На упомянутой конференции, был сделан вывод о том, что образование должно служить установлению связей (между общинами), которые должны жить в мире и согласии между собой.
С 2000 года Сербия развернула широкую дискуссию по вопросу о включении или исключении религиозного образования, в которую вошли представители: интеллигенции, правительства, религиозные лидеры, политические деятели, богословы, преподаватели университетов, социологи, психологи, правозащитники, представители неправительственных организаций и т.д.
В 2001 году было принято решение о конфессиональном религиозном образовании, которое будет включать семь традиционных или исторических религиозных общин в сербском государстве. Этот факультативный предмет будет предложен в первых классах начальной и средней школы, но ученики, которые не выбрали его, могут выбрать предмет «Гражданская культура» или ни один из этих двух предметов.
Проблема религиозного образования была решена в 2001 году в соответствии с Положением о начальном и среднем образовании. Он также регулировал отношения между государством и церковью, прежде чем он был передан в парламент для принятия в качестве закона. В 2002 году был принят Закон о начальном и среднем образовании, в котором определены полномочия тех, кто будет принимать решения относительно учебной программы религиозных классов и назначать учителей. В соответствии с этим право на разработку курса религиозного образования принадлежит Министерству образования в сотрудничестве с Министерством по делам религии и традиционными религиозными общинами страны.
В Конституции 1991 года Болгария признала равенство всех граждан, признав, что никто не имеет права на дискриминацию по признакам: расовым, национальным, этническим, гендерным, религиозным, образовательным, гражданского положения, политических взглядов и принадлежности.
С изменением государственной системы, демократизацией страны, церковь начала организовывать «Субботние школы», предлагая уроки христианского катехизиса для детей. В 1990-1995 годах церковь, которая больше занималась вопросами возвращения конфискованного имущества, не смогла предложить ничего позитивного государственным школам. В 1995 году богословы подготовили программу религиозного образования, предложив Министерству образования концепцию включения этого предмета в государственные школы, с чем государство, утверждая, что оно оторвано от коммунистического наследия, так и не пришло к согласию.
Преподаватели одного из богословских факультетов Болгарии, видя пренебрежение со стороны правительства в решении проблемы религиозного воспитания в государственных школах, по собственной инициативе включили бы этот предмет в программу некоторых государственных школ. В течение двух лет осуществление религиозного образования в этих школах дало свои результаты, и это дело получило широкую огласку.
В 1996 году министр образования посетил школы, где осуществляется религиозное образование, и увидел большой интерес учащихся к этому вопросу. С тех пор правительство будет внедрять этот предмет во всех государственных школах (в качестве факультативного курса). Министерство образования отвечает за учебники. Цель включения этого предмета в сеть государственного образования состояла в том, чтобы мотивировать учащихся к терпимости и плюрализму.
Начиная с 2000 года, государство предприняло ряд инициатив по решению этой проблемы, создав комиссии, которые занимались составлением учебников, но все эти инициативы не увенчались успехом. В настоящее время религиозное образование охватывает менее 1% учащихся, и можно сказать, что в государственных школах Болгарии религиозное образование отсутствует.
Албания является одной из немногих балканских стран, которая не включила религиозное образование в свои государственные школы. Еще более загадочным является тот факт, что в нем отсутствуют даже предметы, которые могли бы заменить религиозное образование (такие как этика или история религий) и которые можно найти повсеместно в европейских государственных школах, где религиозное образование не осуществляется. Однако, министр образования Албании приветствовал предложение пяти религиозных общин о введении религиозного предмета в начальных и средних школах. С другой стороны, противоположные рассуждения сводятся к тому, что религиозное образование привело бы к «духовному разделению», что его реализация противоречит Конституции и истории.
В Косово недавно были открыты парламентские дебаты по вопросу о разрешении ношения головного платка (исламского платка для женщин) и включении религиозных материалов в государственные школы. Инициатива по введению религиозного образования и разрешению ношения головных платков в государственных и частных школах Косово была выдвинута «Новым альянсом Косово. Время между принятием поправки и голосованием за закон было слишком коротким, поэтому ссора между сторонниками и противниками этой поправки была слишком жесткой и неконструктивной.
В то время как первые настаивали на том, что религиозное образование в государственных школах соответствует европейским стандартам, вторые заявили, что такие действия противоречат Конституции Косово, которая определяет его как светское государство и нейтральное в вопросах религиозных убеждений. Большинство голосов законодателей отклонили предложение, выдвинутое парламентской группой Нового Косово и поддержанное Независимой либеральной партией Сербии и группой депутатов от других партий. Исламская община Косово очень недвусмысленно заявила о необходимости включения религиозного образования в систему образования Косово. С другой стороны, Епископат Косово (Скопье-Призренская епархия) выступил против включения религиозного материала, и это, вероятно, единственный случай в мире, когда священники присоединяются к нему в религиозной инициативе.