Родился в семье врача Яна Рутгерса, известного деятеля «сексуальной революции» в Голландии. Учился в политехнической школе в Дельфте. Получил диплом инженера-гидротехника, специалиста по железобетону. Работал на реконструкции роттердамского порта, в муниципалитите Роттердама. С 1899 года — член социал-демократической партии Голландии. С 1908 — секретарь отделения строительства водных сооружений Королевского института инженеров Голландии. С 1911 — работал в голландской Ост-Индии (сейчас Индонезия) директором управления строительства дорог и мостов. В 1915—1918 работал в Нью-Йорке представителем Голландско-Индийской железнодорожной компании и консультантом многих американских фирм.
В 1918 году приехал в Россию. Добирался в Москву через Сибирь во время гражданской войны. Вступил в ВКП(б), участвовал в работе первого конгресса Коминтерна. В январе 1920 года по поручению Ленина возглавил зарубежное бюро Коминтерна для подготовки второго конгресса.
В мае 1921 совершил поездку на Урал и в Сибирь для выяснения возможностей использования богатств Кузнецкого угольного бассейна, для развития промышленности Урала. После возвращения группы Рутгерса в Москву и проведения долгих согласований 25 декабря 1921 года был подписан договор между СТО и инициативной группой в составе Рутгерса, Билла Хейвуда, Д. Байера о создании автономной индустриальной колонии «Кузбасс». С 1922 по 1926 Рутгерс — председатель правления АИК «Кузбасс».
В 1930—1938 (с перерывами) работал консультантом по экспертизе крупных строительных проектов в СССР, член коллегии по делам иностранных специалистов при РКИ. Член редколлегии советской англоязычной газеты «Moscow news».
В 1938 вернулся в Голландию. Во время второй мировой войны участвовал в движении Сопротивления. После окончания войны — член ЦК общества «Нидерланды — СССР». Под его руководством издавался журнал «Нидерланды — СССР».
Память
Дочь Рутгерса, Гертруда Тринчер, жившая в СССР, написала об отце книгу из серии «Жизнь замечательных людей».
В Кемерово есть улица имени Рутгерса. Комната, в которой он жил, является частью экспозиции кемеровского историко-архитектурного музея «Красная горка».