В 2000 году Boxster обзавелся первыми улучшениями, в числе которых - увеличение рабочего объёма до 2.7 литра, что позволило увеличить и отдачу до 217 лошадиных сил и 260 Нм крутящего момента, делая авто более отзывчивым на низких оборотах.
В том же году произошёл дебют версии Boxster S с новым 3.2 литровым мотором, мощностью в 250 лошадиных сил и моментом в 305 Нм. Новинка получила улучшенную подвеску, 17 дюймовые диски и перфорированные тормоза от 996 Carrera. Увеличенный двигатель требовал лучшего охлаждения, поэтому был установлен третий радиатор в переднем бампере, а главной отличительной особенностью версии S стал сдвоенный выхлоп, подчеркивающий спортивный характер родстера.
К 2003 году с конвейера выехало уже свыше 130000 экземпляров Boxster, однако конкуренция в сегменте усилилась с приходом BMW Z3 и Mercedes SLK. Для поддержания конкурентоспособности базовая и S-версии подверглись доработкам в виде увеличения мощности двигателя (до 225 и 258 л.с. соответственно), также на модели были установлены улучшенные пружины и амортизаторы, что позволило снизить вес авто и улучшить расход топлива аж на 2%. Оба авто также получили облегченные колеса и более толстые стабилизаторы.
Дабы завершить производство первого поколения Boxster и уйти на "мажорной" ноте, Porsche было принято решение выпустить специальную версию, приуроченную модели 50-летию модели 550А, которая была впервые представлена на Парижском автосалоне в 1953 году. И так в 2004 году на свет появилась Porsche Boxster S 550 Anniversary Edition. Да, Porsche любят длинные названия. Модель была окрашена в серебристый металлик с кофейно-коричневым салоном, обладала мощностью в 268 лошадиных сил и была оснащена более продвинутой подвеской Porsche M030 и спортивной выхлопной системой, всего было выпущено 1953 экземпляра.
В том же 2004 на парижском автосалоне миру была представлена новая генерация Boxster - модель 987, обладающая в базе тем же 2.7 литровым мотором, правда с увеличенной до 240 лошадиных сил мощностью. Новый родстер компании обладал выраженными линиями крыльев, более напористым "взглядом" фар и в целом выглядел агрессивнее. На 987-ом впервые применили систему PASM (Porsche Active Suspension Management), которая в виде опции доступна и на современных авто.
В своё время опыт полученный у Toyota и удешевление производства привело к нечастой, но катастрофичной поломке подшипников на моделях 996 и 986, кроме того покупатели отмечали снижение качества материалов салона, особенно пластика, который со временем затирался, портив внутренний вид салона. В модели 987 Porsche исправила все недочеты, салон был превосходного качества с использованием лишь лучшей кожи, алюминия и пластика, автомобиль также обладал сидениями от 911, а спортивный характер подчеркивал руль с тремя спицами, выполненный из кожи и алюминия.
Годом позже, после закрепления успеха второго поколения Boxster, была выпущена версия с жёсткой крышей - Cayman S, оснащённая оппозитным 3.4 литровым двигателем, развивающим мощность в 295 лошадиных сил, оснащенный системой VarioCam. Эта система была применена и к базовому 2.7 литровому мотору, что повысило отдачу до 245 лошадиных сил.
В 2008 году миру было представлено очередная специальная версия Boxster - модель RS60 Spyder, приуроченная к победе в гонке 12 часов Сербинга в 1960 году на автомобиле Porsche 718 RS Spyder. Это был первый родстер компании развивающий мощность свыше 300 лошадиных сил, а именно - 303. Он был оснащенный системой PASM, 19 дюймовыми литыми дисками, гоночной выхлопной системой и окрашивался только в комбинацию из серого металлика с красным кожаным салоном. Специальная версия стоила примерно на 7000 долларов дороже обычной Boxster S и была выпущена тиражом в 1960 автомобилей.
С приходом в сегмент новых конкурентов в лице Nissan 350Z, который предлагал мощность свыше 300 лошадиных сил за гораздо более скромные деньги, Porsche вновь взялись за доработку своих спорткаров. Объем мотора базовой версии был увеличен с 2.7 до 2.9 литров, в то время объём S-версии остался прежним - 3.4 литра. Оба варианта оснастили непосредственным впрыском топлива и впервые применили знаменитую семиступенчатую коробку с двойным сцеплением PDK. Таким образом мощность версий возраста до 255 и 310 лошадиных сил соответственно.
Реализовав платформу 987 настолько, насколько это было возможно в принципе, компания представила в 2009 году на автосалоне в Лос-Анджелесе версию Boxster Spyder, которая, кстати не стала очередной специальной версией, а выпускалась как обычная дорожная. Автомобиль задумывался как более легкий, потому в нём избавились от механизма крыши, аудиосистемы, внутренних дверных ручек, отсеков для перчаток и для вещей. Двери были выполнены из алюминия, сидения - из карбона, также авто обладал облегченным дисками. Spyder обладал 3.4 литровым атмосферным 6 цилиндровым оппозитным мотором, мощностью 320 лошадиных сил на 7200 об/мин. При весе в 1350 килограмм авто мог разогнаться до 270 километров в час, а первая "сотня" давалась ему за 5.1 секунду.
В 2013 году миру была представлена обновленная модель с индексом 981. Рабочий объём базовой версии уменьшили до прежних 2.7 литров, однако отдача возраста до 265 лошадиных сил, благодаря применению системы VarioCam Plus и более продвинутого выхлопа. Версия S осталась с 3.4 литровым мотором, мощность которого возросла до 315 л.с. и многие журналисты отмечали, что звук двигателя напоминает нечто гораздо более экзотичное, чем просто родстер Porsche. Спустя ещё 2 года появилась версия GTS с тонированными передними и задними элементами, возросшей до 330 лошадиных сил мощностью и 20 дюймовыми кованными дисками.
И вот, когда казалось, что мир увидел финальную и завершённую версию 981, компания удивила в очередной раз, выпустив сумасшедший Boxster Spyder (981), обладающий двигателем от Carrera S - 3.8 литровой оппозитной "шестеркой", развивающей мощность в 375 лошадиных сил, рулевая рейка и элементы подвески были позаимствованы у 911 Turbo, тормоза перекочевали с Carrera S. 981 Spyder стал лебединой песней для фанатов Porsche - самый мощный Boxster за всю историю, способный разогнаться до отметки почти в 300 километров в час и при том обладающий феноменальной управляемостью в поворотах.
К сожалению, всякой лебединой песне суждено закончится. Сегодня, когда интерес публики приковывает рынок внедорожников, а производителей все больше сковывают экологические нормы - компании пришлось отказаться от атмосферных "шестёрок" в пользу "турбо-четвёрок". Новый кузов 2017 года получил в распоряжение 2 мотора - 2 литровый 300 сильный для обычной версии и 2.5 литровый для версии S и GTS, мощностью 350 и 365 лошадиных сил соответственно. Конечно, дизайн автомобиля, качество сборки, ходовые характеристики - восхитительные, версия GT4 с атмосферным 4 литровым оппозитным двигателем мощностью 414 лошадиных сил вообще сносит крышу. Однако, факт есть факт - рынок больше не нуждается в таких авто и тяжело поверить, что 25 лет назад маленький доступный среднемоторный родстер спас процветающую сегодня компанию Porsche от банкротства.