Предшественником Minecraft была Infiniminer, созданная американским разработчиком Закари Бартом в 2009 году. У Барта была своя студия Zachtronics, в которой он разрабатывал игры-головоломоки[69]. Одна из его игр, Infinitiminer, представляла собой многопользовательскую соревновательную игру, в которой игроки, разделившись на команды, должны были искать и добывать руды в процедурно-сгенерированном мире, чтобы вынести их на поверхность и получить за это очки[70][71]. Спустя месяц Барт выпустил обновление для этой игры, однако код этого обновления не прошёл обфускацию, в результате чего он был декомпилирован и извлечён из двоичных файлов. Эта утечка исходного кода в Интернет привела к тому, что теперь сторонние разработчики смогли создавать пользовательские модификации и клиентские приложения, чтобы использовать уязвимости в коде Infinitiminer и делать чит-коды. Барт, который создал эту игру бесплатно, решил, что не сможет получить прибыль с продаж копий Infinitiminer, потерял интерес к разработке проекта и бросил его[72][73].
Параллельно шведский программист Маркус Перссон, сотрудник компании Jalbum (англ.)русск., в свободное время работал над проектом под условным названием RubyDung — по его замыслу, эта игра должна была сочетать в себе элементы таких игр, как Dwarf Fortress, Dungeon Keeper и RollerCoaster Tycoon[69][70][74]. Ранее Перссон участвовал в создании многопользовательского симулятора выживания Wurm Online (англ.)русск.[69]. Перссон пытался ввести в RubyDung режим от первого лица для того, чтобы можно было осматривать постройки с выгодного ракурса — похожая особенность была в Dungeon Keeper, где игрок мог вселяться в существ. Перссон обратил внимание, что в RubyDung полигональные объекты при приближении выглядели непривлекательно, поэтому он остался недовольным результатом до того момента, пока не увидел Infiniminer[75]. По своим воспоминаниям, Перссон говорил себе, что это та самая игра, которую он всегда хотел сделать[69][76], и написал первый прототип Minecraft как подражание Infiniminer, используя фрагменты кода и графики из RubyDung. Перссон также включил в игру модели персонажей из другого раннего проекта Zombie Town[69]. Игра представляла собой запускающийся в браузере Java-апплет, написанный с использованием библиотеки графического вывода LWJGL[77]. Тестовая версия Minecraft была опубликована 17 мая 2009 года на форуме веб-сайта TIGSource.com, в разделе «Feedback» (рус. Отзывы). Перссон разместил на форуме снимок экрана игры, веб-ссылку на Java-апплет и краткое описание игры: «Главный источник вдохновения для этой игры — Infiniminer, но я собираюсь сделать её похожей на Dwarf Fortress с точки зрения игрового процесса». Игра получила очень положительные отзывы от участников форума, которые начали публиковать в теме свои снимки экрана игры с различными сооружениями[78]. TIGSource объединял вокруг себя разработчиков инди-игр, таких же, как сам Перссон — у этого веб-сайта было немалое влияния, благодаря которому можно было распространять вести об игре через «сарафанное радио»[75].
Тестовая версия игры Перссона изначально имела название Cave Game, позже он её переименовал в Minecraft: Order Of The Stone — дань уважения веб-комиксу The Order of the Stick. В дальнейшем Перссон сократил название до Minecraft, чтобы не было возможной путаницы с этим комиксом[70]. В течение месяца после выхода первой тестовой версии Перссон добавил в игру физическую симуляцию песка, воды и лавы, а также примитивное динамическое освещение; спустя ещё месяц он начал тестирование многопользовательского режима[69]. Сам Перссон считал, что игра должна развиваться в сторону симулятора выживания с элементами ролевой игры, предлагая игроку не только конструктор, но и интерактивный фэнтезийный мир. Он размышлял над тем, чтобы Minecraft давала игроку какие-либо вознаграждения за определённые действия — только ходить по миру игры, с точки зрения Перссона, было неинтересно. С 13 июня 2009 года альфа-версия игры стала платной[69] — Перссон считал, что не сможет поддерживать разработку в том же темпе, если не будет брать денег за игру[75]. Невзирая на то, что браузерная версия игры, получившая название Minecraft Classic, оставалась бесплатной, Перссон прекратил обновлять её — теперь обновления могли получать только те пользователи, которые зарегистрировали учётную запись на официальном сайте и купили специальный клиент для игры. Обновления включали в себя новый контент: блоки, существа, режим выживания и изменения поведения объектов[79]. Перссон использовал название Mojang Specifications как студии-разработчика игры, хотя в это время разработкой он занимался в одиночку[69].
В сентябре 2010 года Перссон посетил офис американской компании Valve, где принял участие в тренинге по программированию и встретился с руководителем компании Гейбом Ньюэллом. Перссону предложили работу в Valve, но он отказался[80]. Вместо этого Перссон решил превратить Mojang Specifications в полноценную компанию: он связался через Skype со своим другом Якобом Порсером, и они зарегистрировали акционерное общество (Aktiebolag) Mojang AB. Стартовым капиталом Mojang стали деньги, заработанные Перссоном с продаж копий Minecraft[81][82][83]. Поскольку и Перссон, и Порсер хотели сосредоточиться на разработке игр, а не на бизнесе, Mojang AB наняла Карла Манне как генерального директора. В прошлом Манне был менеджером Jalbum и работодателем Перссона[69][84]. В дальнейшем в Mojang AB появились такие сотрудники, как бизнес-разработчик Даниэль Каплан, арт-директора Маркус Тойвонен и ведущий программист Йенс Бергенстен[69].
С сентября 2009 года по февраль 2010 года последующие обновления были выпущены под названиями «Survival Test», «Indev» (от англ. In Development — «в разработке») и «Infdev» (от англ. Infinite Development — «бесконечная разработка»)[79]. Именно в «Indev» было реализовано создание предметов[85], а в «Infdev» бесконечные карты. На протяжении разработки Minecraft алгоритм генерации миров несколько раз изменялся. Также Перссон столкнулся с такой проблемой, которая обусловлена побочным эффектом изменения алгоритма: если персонаж пройдёт очень большое расстояние от центра карты до его края, то потом начнутся лаги, а сама карта будет слишком деформированной. Перссон назвал такую игровую область «далёкими землями» (англ. Far Lands), и ему понравилась идея мистических этих земель, которых практически нельзя достигнуть без чит-кодов[86]. Позже у миров появились границы, которые выглядят как прозрачные стены с голубыми линиями[87]. 28 июня 2010 года было выпущено первое крупномасштабное обновление «Alpha»[79], а 22 июля того же года появился тестовый многопользовательский режим, в который можно было зайти через приглашение[88].
С 18 июня по 18 сентября 2010 года Перссон выпускал секретные обновления (англ. Secret Updates) по пятницам[79][89][90]. Эти обновления значительно наполнили игровой процесс контентом — в Minecraft появились такие предметы, как редстоун, вагонетки, сокровищницы и новое измерение[69]. В последний день секретного обновления Перссон написал в своём блоге, что добавит измерение «Ад» в игру; это измерение можно будет использовать для быстрого путешествия, если пройти какое-либо расстояние там и вернуться в обычный мир. Также Перссон написал, что такой метод перемещения использовался в серии романов «Колесо Времени» Роберта Джордана — в безопасных тропах «Пути» (англ. Ways) люди могли преодолевать огромные расстояния за несколько дней, а не недель[90]. 29 октября того же года Перссон решил поменять название Ада из-за религиозной отсылки, поэтому он решает придумать более творческое и оригинальное название. Сначала Перссон хотел выбрать «Слип» (англ. The Slip) или «Нексус» (англ. The Nexus), но потом выбрал «Незер» в день выпуска хэллоуинского обновления[91]. 11 декабря 2010 года Перссон написал о том, что Minecraft будет проходить бета-тестирование 20 декабря того же года. Также он написал, что это и последующие обновления перед стабильным выпуском игры по-прежнему будут бесплатными[92].
