В Санкт-Петербурге лейтенанты Ф. А. Матисен и А. В. Колчак стали формировать команду по поиску и спасению групп Толля и Бялыницкого-Бирули. Пока готовились команды, группа Бялыницкого-Бирули к этому времени к общей радости самостоятельно вышла на материк. Поэтому в экспедицию по спасению пропавших полярников Академия наук отправила только команду Александра Колчака.
Сначала в поисковую экспедицию было решено снарядить ледокол «Ермак». Но так как ледокол был нужен на Балтике, рассматривался вопрос об отправке яхты, но Матисен убедил правительство, что яхта до Новосибирских островов доберется только за два года. Было решено организовать пеше-шлюпочную экспедицию от Якутска.
Команда под руководством Александра Колчака выехала из столицы 22 февраля 1903 года. К прибытию спасателей из 17 человек в населенном пункте Казачий, что на реке Яна, были готовы шлюпки и собачьи упряжки. Экспедиция началась в начале апреля 1903 года. Одна группа на шлюпах, достигнув ледовых полей, двинулась на север на собачьих упряжках. Другая группа на вельботах поплыла по освобождающейся ото льда воде.
Пешая группа двигалась медленно. В Заполярье приближалось лето. Лед становился рыхлым. И людям приходилось, помогая собакам, впрягаться в упряжки. Через полтора месяца, к 23 мая дошли до известного полярникам острова Котельный. Еще через полтора месяца (4 августа) наконец добрались до острова Беннет. На острове нашли бутылку с запиской, в которой Толль нарисовал план острова. Позже обнаружили еще одну бутылку с отчетом Толля о выполненной на острове работе. Записка датировалась 26 октября 1902 года.
Группа, производящая поиски на вельботах, обследовала остальные острова Новосибирского архипелага. На острове Новая Сибирь спасатели вскрыли склады с продовольствием и хозяйственными запасами. Запасы были нетронуты. Спасательная экспедиция вернулась в Казачий в декабре 1903 года ни с чем. Отважные полярные исследователи во главе с Эдуардом Толлем пропала бесследно.
В истории покорения Арктики этот спасательный поход будущего адмирала и верховного правителя России получил название «Спасательная экспедиция 1903 года». До 1990 года многие предпочитали не упоминать этот период жизни Александра Васильевича Колчака, акцентируя внимание на историю гражданской войны и роль Колчака в белом движении.