В середине 1890-х училище Гнесиных было открыто тремя сестрами Еленой, Евгенией и Марией.
Они родились в большой музыкальной семье в Ростове-на-Дону. Их отец был человеком высочайшей культуры, широко образованным, будучи профессиональным музыкантом, очень боготворил музыку. Мать в юности училась пению у известного композитора. У неё было прекрасное колоратурное сопрано и она играла на фортепиано. Замужество, растущая семья и множество обязанностей по дому не дали ей возможности стать профессиональным музыкантом. Её страсть к музыке и талант, несомненно, отразились на развитии музыкальных способностей детей.
Первоначальное музыкальное образование сестры получили в Ростове-на-Дону. Затем Елена и Евгения поступили в Московскую консерваторию.
Сестёр Гнесиных в пору их учения, да и позже окружали талаитливые, яркие люди. Среди педагогов выделялись Э. Лангер, В.И. Сафонов (у них занимались Евгения и Елена - соответственно, на младшем и старшем отделениях), Ф. Бузони (у него Елена Гнесина занималась один год в 1890-1891 гг.), А. С. Аренский (класс гармонии); пианисты Д. Шор, Э. Розенов, И. Левин, М. Пресман, певцы Е. Збруева и М. Чупрынников, скрипач А. Печников.
Педагогические способности Гнесиных проявились очень рано. Их преподавательская деятельность проявилась ещё в годы учения: со смертью отца в 1891 году помогать им стало некому, нужно было самим зарабатывать на жизнь.
В конце 1880-х - начале 1890-х годов .
Примерно в эти годы в гнесинской семье возникает музыкальный кружок. Состоял он главным образом из сверстников Евгении Фабиановны. Среди них были В.Протопопов, В.Калинников, Д.Шор, Э.Розенов, А.Гречанинов, А.Ярошевский, Г.Конюс (впоследствии все они стали крупными музыкальными деятелями). Здесь звучало много камерной музыки, ансамблей, в которых принимали участие такие первоклассные музыканты, как А.Могилевский и М.Альтшулер.
Сначала члены кружка объединились вокруг небольших рукописных юмористических журналов «Кузьмич» и «Жив курилка». Затем создаётся более серьёзный журнал «Мысль и чувства». Стали появляться и музыкальные произведения, которые постоянно исполнялись и обсуждались на собраниях кружка. Их авторами были Евгения Гнесина, Гречанинов, Калинников, Протопопов, Конюс.
Встречи участников кружка продолжались несколько лет и, несомненно, оказали влияние на общее и музыкальное развитие младших сестёр и братьев Гнесиных - Елизаветы, Ольги, Михаила, Григория. Они также получали музыкальные навыки в домашнем хоре, которым руководила Елена Фабиановна, участвовали в детском оркестре Эрарского.
В дальнейшем у каждого из членов кружка наметились собственные профессиональные интересы. Евгения Фабиановна стала думать об открытии музыкального училища. Уже тогда педагогика играла большую роль в её жизни. Она вела музыкальную литературу и теорию музыки в Обществе друзей искусства и литературы - театральном кружке (ставшем, между прочим, предтечей прославленного Московского Художественного театра), где ставил спектакли К.С.Станиславский. Здесь возникла большая многолетняя дружба сестёр Гнесиных с артистами будущего театра.
По окончании консерватории Елена Гнесина успешно выступала в разных городах с сольными концертами и как ансамблистка. Часто она аккомпанировала замечательному певцу, одному из лучших исполнителей партии Онегина - П.А.Хохлову. Наряду с концертной деятельностью молодая пианистка вела и педагогическую работу.
В 1895 году консерваторию закончила Мария Фабиановна по классу фортепиано. К этому времени у Евгении Фабиановны окончательно созрело решение посвятить себя педагогике, открыть свою музыкальную школу. Эту идею поддержали Елена и Евгения.
Так в 1895 году в Москве возникло новое учебное заведение - Музыкальное училище Гнесиных. Его открыли в их семейной квартире, в Гагаринское переулке. Училище было основано 2 февраля 1895 года, когда была зачислена первая ученица.