Училище постепенно росло и развивалось благодаря непрестанной заботе, дружной совместной деятельности и энтузиазму сестер Гнесиных и коллектива молодых преподавателей.
Личная дисциплина, труд, дружба и постоянная взаимопомощь позволяли Гнесиным бороться с трудностями. А их оказалось немало. Елена Фабиановна рассказывала, что всё их дело начиналось всего с одним инструментом за душой.
Важной особенностью училища Гнесиных, помимо тесной сплоченности педагогического коллектива, была естественность роста, постепенность развития. Это обеспечило ему прочность, основательность вырабатывавшейся методики. Гнесины постоянно следили за тем новым, что возникало в музыкальной педагогике, и все прогрессивное применяли у себя в училище.
Так, с появлением в Москве сторонницы системы Жак-Далькроза - Н.Г.Александровой (окончившей консерваторию в Женеве) в училище прибавился новый предмет "ритмическая гимнастика".
Познакомившись в Швейцарии с новым методом преподавания сольфеджио - Шассевана, Евгения и Елизавета Гнесины применили его в несколько измененном виде для обучения музыкальной грамоте и. музыкальному диктанту в детских группах сольфеджио. Этот метод, заключающийся в употреблении подвижных накладных нот при диктанте, заинтересован детей своей наглядностью и позволял достигать хороших результатов.
В результате музыкальный диктант становился одним из любимых занятий.
Педагогический репертуар для ранних ступеней обучения в то время, особенно в частных школах, далеко не всегда удовлетворял требованиям передовых музыкантов. Сестры Гнесины, ученицы В.И.Сафонова, боровшегося в консерватории за высокую художественность репертуара, против пустых, бессодержательных, "салонных" пьес, уделяли много внимания и этой важной проблеме.
Елена Фабиановна сама сочиняла детские пьесы и этюды для фортепиано, к этой работе она привлекла также Р.М. Глиэра и А.Т. Гречанинова. По просьбе Евгении Фабиановны они писали и произведения для детского хора, репертуар которого был тогда весьма скуден. Часто ещё по рукописям эти произведения разучивались под руководством Евгении Фабиановны, исполнялись на концертах и лишь потом печатались. Многие из них были посвящены сестрам Гнесиным.
К 1905 году училище, отметившее 10-летие со дня основания, значительно окрепло, выработались известные традиции. Кроме пяти сестер Гнесиных, Глиэра и Гречанинова, появились другие молодые педагоги, в том числе и окончившие Гнесинское училище (к 1905 году состоялось четыре выпуска - училище окончили 16 человек).
Общее число учащихся возросло до 141 человека. Значительную группу - 48 человек - составляли учащиеся, специально занимавшиеся музыкой, причем некоторые поступали в училище для того, чтобы, получив соответствующую подготовку, перейти в консерваторию.
Так, поступив в Московскую консерваторию, успешно учились в ней выдающийся пианист Н.Орлов, сделавший в дальнейшем мировую карьеру, Л.Ендовицкая, Е.Леви. В Лейпцигскую консерваторию поступила С.Клумова-Ганнушкина (которая была одной из первых учениц училища), а в Венскую - О.Корзлинская.
Однако типичным для дореволюционных учебных заведений (в особенности частных) было то, что большинство учащихся проходило несколько курсов (нередко один и тот же два или три года подряд), но не доходило до выпуска. Большую часть учеников составляли дети: среди них были и дети дошкольного возраста.
Десятилетняя деятельность упрочила репутацию училища в музыкально-педагогическом мире Москвы. Училище Гнесиных становится одним из его притягательных музыкальных центров.
С 1905 года начинаются ежегодные отчетные концерты училища Гнесиных - сначала в зале Синодального училища, а затем в Малом зале консерватории (училище Гнесиных не располагало тогда с собственным концертным залом). Эти концерты привлекали внимание московских музыкантов и любителей музыки. Непременными их гостями были Рахманинов, Скрябин и многие другие композиторы.
Много лет спустя Гречанинов писал Евгении Фабиановна из Парижа: "Очень грущу, что не могу послушать своих песенок в чудесном исполнении Ваших детишек и вообще окунуться в любовную атмосферу, царящую в Вашей школе".
Серьезная постановка преподавания, любовь к своему делу его руководителей вызывали ответную привязанность к школе как педагогов, так и учащихся, ценивших ту атмосферу взаимного доверия, доброты и заботы, которой были проникнуты отношения между всеми работниками школы, составляющими одну тесно сплоченную музыкальную семью.
У Гнесиных умели не только серьезно, напряженно и без устали работать, но и дружно веселиться на спеыциально устраивавшихся ежегодных праздниках. Руководители школы хорошо понимали объединяющую, воспитательную роль этих праздников. Лишь те, кто бывал на них, могут представить себе царившую там атмосферу заразительного веселья, в котором принимало участие все население училища, от мала до велика.