Но вскоре Мария скончалась - это произошло 17 ноября 1558 года. Умерла правительница от болезни, одинокая, потерпевшая поражение на поприще реставрации римско-католической религии, презираемая всей страной. Королевой стала протестантка Елизавета. Пришла пора возвращаться домой эмигрировавшим англичанам, оппозиционно настроенных к политическому курсу Марии. Так, англиканская группа в Страсбурге получила разрешение вернуть на родину после того, как член этой группы епископ Джон Эймлер в 1559 году опубликовал работу «Убежище для верных и преданных подданных». Памфлет был направлен против «Первого трубного гласа...» Нокса. Эймлер опровергал антифеминистские высказывания шотландца, доказывая, что в истории Англии именно короли приносили больше несчастий, чем королевы, и что женщины по повелению Бога могут наследовать престол, коли нет наследника мужского пола. Труд Эймлера не мог не смягчить настроения Елизаветы. Однако положения Джона Нокса это не изменило. Извинения проповедника за его «Первый трубный глас...» перед Ее Величеством не смыли оскорбления, нанесенного Елизавете как женщине. Она не отменила указа 1558 года, по которому Ноксу и Гудману был запрещен въезд в Англию. Однако это беспокоило Нокса только сначала; спустя некоторое время он решил, что ему не нужна Англия, так как он хочет отправиться в Шотландию. Нокс писал об этой ситуации следующее: «Англия отказалась от меня; но из-за того, что еще раньше она отказалась от Иисуса Христа, меня не слишком беспокоит утрата нашей дружбы. Пускай же Господь не наказывает ее слишком сурово за проявленную неблагодарность, а вместо этого откроет ей глаза».
В начале 1559 года Джон Нокс прибыл в Шотландию. Под влиянием его проповедей 11 мая в Перте разразилось протестантское восстание. Мятежники уничтожали католические святыни, разоряли монастыри и аббатства. На сторону восставших перешли граф Аргайл и ряд других аристократов. Войска протестантов двинулись на юг и захватили Эдинбург. Мария де Гиз была вынуждена бежать, но ей удалось укрепиться в Лейте - и вскоре туда прибыла военная помощь из Франции. Протестанты в свою очередь попросили помощи у Елизаветы Тюдор. Джеймс Гамильтон, второй граф Арран, смещенный с поста регента Марией де Гиз, также присоединился к восстанию и заявил о лишении Марии полномочий регентши. Однако французские войска перешли в наступление и смогли вытеснить протестантов из столицы. На это Гамильтон и лидеры протестантской партии заключили 27 февраля 1560 года соглашение с Англией, которое предусматривало ввод английских войск на территорию королевства.
В 1560 году, в конце марта, в Шотландии появились английские отряды, которые вскоре осадили Марию де Гиз и французскую армию в городе Лейт. Для регентши Марии ситуация еще более омрачилась французскими событиями: партия де Гизов была на время отстранена от управления, а это делало невозможной дальнейшую военную помощь королеве. Французское королевство теперь склонялось к примирению с Англией. 11 июня 1560 года Мария Лотарингская скончалась, а 6 июля Англия и Франция заключили Эдинбургский договор, по которому английские и французские войска выводились из Шотландии, и обе державы обязались не вмешиваться во внутренние дела королевства. Чуть позже шотландский парламент принял решения, которые лишали папство власти на территории страны, отменяли мессы, упраздняли духовенство и мирскую власть епископов. Парламент также принял протестантский символ веры и утвердил «Книгу дисциплины», детище Нокса, в которой он установил порядок протестантского богослужения для всей страны. Так, в Шотландии восторжествовала религия Джона Нокса.
В Англии с приходом к власти Елизаветы радикальные идеи шотландского проповедника стали терять популярность и актуальность даже среди его единомышленников-пуритан. Они надеялись, что королева-протестантка сама осуществит желаемую ими Реформацию, что она в итоге и сделала, утвердив англиканские 39 статей парламентским актом в 1571 году.
Зато на севере острова Британии, в Шотландии, Нокс действительно вошел в историю. Кто, как не Нокс, разжег уже назревающую протестантскую революцию в стране? Чья тираноборческая теория была использована дворянской протестантской оппозицией в борьбе с Марией Лотарингской, отстранившей ее от власти на основании «выступления против славы Всевышнего, старых законов и конституций королевства и против благосостояния дворянства»? Кем было выдвинуто вероисповедание, оставшееся основополагающим вплоть до 1646 года? Кто стал отцом-основателем пресвитерианской церкви, и по сей день являющейся государственной религией Шотландии? Это был именно Джон Нокс, резкий, нетерпимый, решительный человек, шокировавший всех своими радикальными тираноборческими идеями, не способный на компромиссы с совестью и глубочайше преданный своей религии.