В 1978 году. Петр Тимофеевич был вынужден покинуть кабинет в правительстве, зато как некую «компенсацию», был избран академиком АН УССР и ее вице-президентом (последнюю должность, правда, он занимал лишь год). В значительной степени это было «почетную ссылку» и многие в таком, уже пенсионном, возрасте спокойно, не перенапрягаясь, доживал бы возраста в вполне приличных условиях, обеспечивающих пенсия бывшего заместителя председателя Совета Министров УССР и престижный статус академика. Багатохто, но только не П.Т. Тронько!
В это трудно поверить, но Петр Тимофеевич, приняв вызов судьбе, с молодой горячностью начал и прожил еще одно длительное, длиной в 33 года, насыщенное научным поиском, творческими достижениями, сопоставимыми по масштабности с предыдущими, академическую жизнь. Все свои умения - ния, огромный опыт, организаторские способности, широкие связи, приобретенные в предыдущий период, помноженные на чрезвычайную, от природы, коммуникабельность, он наиболее полно использовал, сначала возглавив 1979 созданный постановлением Президиума АН УССР, учитывая назревшую потребность в организации научно-методического обеспечения краеведческих исследований, отдел историко-краеведческих исследований Института истории АН УССР, а 1993г. - отдел региональных проблем истории Украины Института истории Украины НАНУ.
Большое методологическое значение для дальнейшей активизации краеведческих исследований имели подготовленные в отделе академиком П.Т.Троньком (лично и в соавторстве) труда: «Некоторые вопросы развития исторического краеведения в Украинской ССР» ( «Вестник АН УССР», 1982, № 6) , «Историческое краеведение в Украинской ССР» (1989 г.), «Историческое краеведение: шаг в новое тысячелетие (опыт, проблемы, перспективы)» (2000 г.), «Украинский краеведение в ХХ веке (К 75-летию Всеукраинского союза крае знатоков) »(2002 г.),« Краеведение Украины: достижения и проблемы ( в III съезде Всеукраинского союза краеведов) »(2003 г.). Постановлением Президиума АН УССР от 4 ноября 1982 на отдел также было положено научное обеспечение «Свода памятников истории и культуры СССР по Украинской ССР», составление словарей, участие в апробации соответствующих материалов, подготовленных областными редколлегиями. При руководстве и редакцией П.Т. Тронько в течение 1983-1987 гг. Вышли в свет 5 выпусков «Материалов к Свод памятников истории и культуры СССР по Украинской ССР» и каталог- справочник «Памятники истории и культуры УССР» объемом более 100 печатных листов. Эти работы начали разработку темы «Научно-методические основы исследования помнит ток истории и культуры», заложили основу для подготовки амбициозного проекта в 28 томах - «Свода памятников истории и культуры Украины». В июне 1999 г.. Под редакцией Петра Тимофеевича увидела свет первая книга первого тома ( «Киев») этого уникального издания, а 2004 - вторая. На сегодняшний день в каждой области действуют научно-редакционные группы, которые готовят к изданию областные тома «Свода», а в Институте истории Украины НАНУ создано подразделение, занимающееся их научно-методическим обеспечением.
Настоящим полигоном научных дискуссий, обнародование новых идей стали начатые Петром Тимофеевичем общеукраинские конференции по историческому краеведению, которых с 1980г. Произошло тринадцать. Последняя на сегодняшний день - XIII Всеукраинская научная Любимчик Судьбы 7 историко-краеведческая конференция «Краеведческая Шевченкиана Украины», посвященная 200-летию со дня рождения Т.Г. Шевченко, проходила 24-25 октября 2014 в Шевченковском национальном заповеднике в Каневе.
Много сделано академиком П.Т. Тронько для популяризации исторических знаний о родном крае в должности редактора журналов «Памятники Украины» (1975-1985 гг.) И «Краеведение» (1993-2011 гг.). С 1992 он возглавлял также Главную редколлегию многотомной научно-документальной серии книг «Реабилитированные историей», созданную в соответствии с постановлениями Президиума Верховной Рады Украины от 6 апреля 1992 и Кабинета Министров Украины от 11 сентября 1992 Правовую основу исследования проблемы заложил закон Украины «О реабилитации жертв политических репрессий в Украине», принятый Верховной Радой 17 апреля 1991 Инициатором изучения этого направления стал ученик академика - кандидат исторических наук Ю.З. Данилюк. Возвращение доброго имени невинных жертв тоталитаризма и восстановления исторической правды Петр Тимофеевич считал одним из главных обязанностей. Идея выкристаллизовалась во всей своей полноте еще во время исследования политических репрессий против членов Украинского комитета краеведения. Отдавая дань репрессированным тоталитарным режимом предшественникам на ниве краеведения, коллектив отдела историко-краеведческих исследований под руководством П.Т. Тронько подготовил и издал под его редакцией труд «Репрессированное краеведение (20-30-е годы)» (1991 г.). Изначально планировалось выдать по одному тому серии книг «Реабилитированные историей» в каждой области, Автономной Республике Крым и городах Киеве и Севастополе.