Зависит от того, хотите вы похудеть или поправиться.
Если вы работаете на рост мышечной массы, у вас быстрый обмен веществ, вы эктоморф, то однозначно стоит сделать выбор в пользу молока. Не стоит брать обезжиренное, наоборот, берите с обычной жирностью, чтобы организм получил нужные ему калории и энергию.
Если же вы хотите похудеть, то пейте протеин на воде, не стоит добавлять туда молоко, получите лишние калории, которые потом придется сжигать.
Еще протеин на воде быстрее переваривается и усваивается. Если есть проблемы с ЖКТ, лучше выбрать воду.
Кроме того, если вы пьете гидролизат или изолят (сывороточный протеин), его лучше смешивать с водой, т.к. производитель как раз очищал белок от компонентов, которые есть в молоке.
Еще многие смешивают протеин с соком. Таким образом повышается калорийность напитка (т.е. вариант не для худеющих), но вкус сока и протеина может смешаться и получится не очень приятная смесь.
Также протеин некоторые смешивают с кефиром. Это очень полезно для ЖКТ. Правда, сделать коктейль будет не так легко. Лучше смешивать его дома с помощью блендера.