Озеро Иссык-Куль бессточное, в него впадает около 80 сравнительно небольших притоков: Тюп, Жыр-галан, Каракол, Жууку, Тонг, Жети-Огюз, Чонг-Аксуу, Чонг-Кызылсуу, Ак-Терек, Барскоон, Туура-Суую. Многим из этих рек жизнь дают вечные ледники, которых в бассейне Иссык-Куля 834.
В теплое время года более 60 процентов стока рек приходится на ледники. В западной части к озеру очень близко подходит река Чу, которая по протоке Кутемалды длиной в 6 км иногда отдает ему часть своих вод во время весенних половодий.
КОСМОНАВТЫ, вернувшись из полета, часто рассказывают о том, что самым неожиданным объектом, видимым из космоса на поверхности Земли, для них стали не Великая Китайская стена и не пирамиды Хеопса, а высокогорное киргизское озеро Иссык-Куль. Как любит рассказывать космонавт Алексей Леонов, первый вышедший в открытый космос, оттуда Иссык-Куль похож на человеческий глаз.
Озеро не имеет стока, ни одна река из него не выбегает. Оно как бы аккумулирует в себе все те минеральные вещества, что приносят реки и дожди. Поэтому вода в озере соленая. Правда, по солености она в пять с лишним раз уступает морской, но тип минерализации у его воды самый ценный: хлоридно-сульфатно-натриево-магниевый.