Слово таможня в русском языке является очень старым заимствованием. В древнерусском слово тамъга имело значения «печать; подать татарам», а таможьникъ – «сборщик податей». С XIII века тамгой стали называть дань монголам, а таможенниками – сборщиков налогов, в том числе за перевоз товара через границу. Это слово вытеснило исконное русское слово мыт, мыто (из праславянского *myto «налог, пошлина»; ср. украинское мито, болгарское мито, чешское mýto, польское myto и др.)
Слово тамга произошло от общетюркского *tamga «печать, клеймо», откуда башкирское тамға, татарское тамга, казахское тамға, узбекское tamgʼa, азербайджанское damğa, туркменское temga и турецкое damga – обычно в значении «знак; клеймо; печать». В современном понимании тамга – это родовой знак, который передавался из поколения в поколение тюркскими племенами и некоторыми народами Северного Кавказа.